文艺复兴之后，欧洲使用了数学符号，中国古代数学，很早就用算筹符号和机械运算方法。观测仪器发明和归纳逻辑方法，中国古代的工程技术、经验知识描述也是实践的方法。

时钟的擒纵器、织布提花机和竹蜻蜓等是机械化、程序化操作和飞行器发明的原型，从珠算的运算、存储等机制到帕斯卡、莱布尼兹和巴贝奇的机械计算器，而后，20世纪，从机电装置、穿孔卡编程到集成电路、程序语言的微电子计算机发展。从微电子器件到有机生物分子元件，而后，工程细胞作为计算机器，21世纪，发展到合成生物学的人工生物系统工程设计时期。

合成生物学最早表述有机化学合成生命形态，20世纪80年代也出现在计算机科学中，用于计算机软件的制作技术等合成与组装概念。1991年我发表论述系统科学、人工智能与基因工程的太阳能-生物电子（SBE）技术等，即，系统生物工程 - 生物科学与计算机科学（人工智能）、信息技术与生物技术、仿生工程（微电子学）与基因工程整合的交叉学科概念。

数理逻辑学和转化生成语法、图论和网络拓扑学等，构成机器运算的理论发展。认知科学、神经科学的生物控制论和系统论，神经网络和遗传算法等是计算机科学、信息技术、自动化和机器人的理论基础。

细胞计算机和机器的硬件与软件设计，蛋白质翻译的机理相当加工机器，mRNA提供蛋白质合成的模块犹如织布机的穿孔花样模板或计算机的打孔卡片程序，mRNA碱基排列的信息翻译成蛋白质氨基酸序列，相当印花机或织布机的编制程序转换成图案。

人工智能、人工生命与人工进化等研究，将仿造与改造生命概念整合，从而成为人工或人造生物系统的工程或人工生物学概念。

-（系统生物学史）-