社会法制是科学的管理体制，科学诞生于近现代的机器观念与有机思维。科学方法，从物理学、生物学到心理学、人类学，包括，实证方法与系统理论，工程设计，从达芬奇的绘图设计到雷蒙德·罗维的工业设计等发展。

近代科学的诞生，不仅，建立在培根的归纳逻辑和实验方法，而且，也是笛卡尔的数学方法和演绎逻辑，同时，尤其是实验仪器和数学符号的发明。

从罗吉尔·培根到弗朗西斯·培根，论述了实验方法，从笛卡尔的《动物机器》到拉美特里《人是机器》，论述了机器的哲学观念。

系统与合成生物学的思想基础是生命系统与人工生物系统的有机体机器的思维方法。结构论建立在系统科学与综合哲学的理论体系上，包括，R.Rosen（编辑1968年《系统论与生物学》会议论文集）的系统分层数学方程，汤普森的《生长与形态》（引述了S.Leduc合成生物学的化学合成概念），尤其以人工智能和工程生物为发展目标。

世纪之交的系统生物学与生物工程发展，以G.Church和L.Hood代表分子与组学生物技术，M.Tomita和H.Kitano代表e-Cell计算机模拟，N.Seeman和T.Knight代表纳米与工程技术，S.Benner和E.Kool代表人工与化学合成等方法体系。

精神论，从人类心理活动到行为发生的文化与体制 – 文明体的演化，同时，也是对人类心智和动物行为的神经网络遗传机理和学习、习得性思维与文化的软件内置化探索。从文化习俗到思维模式，从神经系统生理机能到人工细胞分子网络的设计与合成等，构成生物机器理论的研究体系。

-（系统生物学史）-