每当处于人生选择的分岔路口，常需要静下来思考和做出抉择。

第一次-结构论

大学毕业从事教育，讲授动物学、细胞生物学、医学遗传学和生药学，常常在课堂上突然产生新的想法和思维，也就直接写在黑板上和讲述给学生，后来，教务科来听课，很有意见说脱离了教材，于是，决定专心做研究而来到中科院北京中关村。

这个时期，就是结构论和系统医学 - 系统遗传学和系统生物工程等探索，从生物发育与进化到拓扑学，从比较中西医学到图论的数学模型研究，然后，脱胎于中国传统哲学，又综合或跨越系统科学，从而形成生物系统理论的方法。

其时，

1）读到有关突破冯诺依曼计算机概念的文章，以及后来《第6代计算机》等，冯诺依曼的人工生命和细胞自动机是无结构的点模型，20世纪80年代的生物计算机和细胞计算机是生物分子元件和电子仿生学等概念，显然，存在巨大缺陷，如何使细胞计算机可人工设计与制造的具有内部“分子电路”的计算机呢？这就是细胞通讯、微电子学原理与转基因技术整合的系统生物工程 - 合成生物学研究。

2）读到罗斯林研究所的转基因禽类在蛋黄表达药用蛋白质，以及遗传工程技术进展介绍乳腺生物反应器，而大学毕业论文是禽类遗传学，蛋黄蛋白质在肝脏细胞表达，蛋清在输卵管细胞表达，显然，蛋清的蛋白质含量高和成分简单，从而，提出输卵管生物反应器概念和表达载体构建与转基因技术方法，并采取系统方法的转基因设计方案。

第二次-精神论

在英国下了列车从站台走上路桥，进入大学，一个显目的标志是一个像是人又像是机器的雕塑，而在大学主楼和城市图书馆都有瓦特雕像，工业革命典型象征的红砖大学墙面上也时而可见工程学齿轮符号，从大学到住宅 – 亨利·波特电影里典型社区的街道，路上有一条运河上常常可看到消遣的游艇，于是，探索文化、科技与艺术等中西方历史，形成了一个绘画和诗歌创作的理论观点。

其实，早在中学高考数学交完考卷，成功解答了附加思考题，出考场时产生了一些图像，从地面和墙上的纹理呈现出来，可能是精神激发的兴奋而产生 - 即，幻象或意象的显现绘画风格。

在历史的研究中，发现印度教与希腊神话存在的相通、儒-道家与犹太教之间相似的文化要素或构件。

第三次-社会论

中国自鸦片战争以来，争取自强不息的民族独立精神，从洋务运动、辛亥革命到五四运动，向西方和发达国家学习科学、工业和制度；然而，经历几次社会大危机，包括，文化危机、政治危机和经济危机。

金融危机以来，危机也是机遇，关键在科技和经济发展决策，如果，及时转型到前沿科学、先进技术和新兴产业的创造发明和创新发展，建立有效推动技术更新换代和科学前沿推进的机制，那么，就可能在第3次工业革命时期走向科技和经济的实力形成。

于是，又探索和思考了人类文明的模式更替与演化的历史逻辑。

附：系统生物学简史

1）系统生物学 – 理论与实验

l       实验与系统科学2维度的整合

Ø       系统生物学（Mesarovic D.1968）- 理论生物学转换到理论与实验生物学结合

Ø       合成生物学（Leduc S.1910）- 化学合成转换到系统论方法的生物工程 - 工程（反求与正向）方法的系统生物学

l       1992-1994年BJ.Zeng提出系统医药学与稳态模型–系统遗传学与系统生物工程

Ø       生物系统理论和实验生物技术整合

2）系统生物学概念

l       BJ.Zeng定义：理论与实验、计算与工程方法 - 生物系统与人工生物系统研究

Ø       1996年第1届国际转基因动物学术研讨会

Ø       1999年于德国建立系统生物科学与工程（genbrain biosystem network）网站 - 细胞通讯与转基因技术、微电子学原理的分子“元件、电路”概念

Ø       2003年第19届国际遗传学大会 -“基因型-表现型”复杂系统发生与进化 

3）生物系统网络 - 理论

l       BJ.Zeng结构论*与图论、拓扑学

Ø       细胞模型 - 生物信息控制系统

Ø       细胞系图谱 - 非线性发生动力学

l       细胞通讯、分子网络

Ø       T.Pawson和R.Linding - 基序（motif）与域（domain）结构分析

Ø       2004年AL.Barabási - 网络生物学

注*：1970年R.Rosen的系统分层理论和1961年DW.Thompson的On growth and form（提到S.Leduc化学合成概念）

4）系统生物学方法

l       数学-计算生物学、化学-纳米生物学等

Ø       组学（omics）技术和计算机（in silico）模拟方法

l       2000年

Ø       M.Tomita和H.Kitano的e-cell软件 - 国际系统生物学会议

Ø       L.Hood和R.Aebersold组学（omics）- 美国西雅图系统生物学研究所

Ø       2000年E.Kool人工xDNA的合成生物学  

l       2001年

Ø       O.Wolkenhauer系统论和数学 - 德国Rostock大学

Ø       AP.Arkin工程的计算机辅助设计 - 美国加州贝克利大学

5）合成生物学 - 工程

l       1910年S.Leduc提出合成生物学词汇

Ø       2000年之前 – 化学进化、DNA重组与人工合成

l       2003年工程方法的系统生物学

Ø       J.Collins、T.Knight - 生物砖块（Bio-brick）

Ø       2005年D.Endy论述为工程生物学 - 人工生物系统

Ø       B.Palsson、J.Nielsen - 代谢工程与细胞工厂

l       2010年合成基因组

Ø       HO.Smith–美国CR.Venter研究所

-（哲学探索总结）-