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【读书笔记】Algorithms in Bioinformatics: A Practical Intro.

已有 5515 次阅读 2012-7-31 18:01 |系统分类:科研笔记| 读书笔记

本书对生物信息学里面用到的基础算法进行了详细的介绍,比较适合于有计算机背景的学生。章节的安排比较简单,大致从最基础的序列比较出发,到整个基因组的比对和多序列比对的技巧,接着介绍了进化树的构建和比较。最后几章属于比较进阶的内容,在安排上略显零散,大多与作者自己的研究相关。对算法详尽的描述和分析是本书最大的特点。除了介绍现今主流的算法外,书中也对算法的发展过程有所讨论。重要的算法都配套有完整的算法描述,复杂度分析,实验结果等等,风格严谨,适合于作为开展新研究的基础。

图书信息:
http://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
Author Sung, Wing-Kin.
Title Algorithms in bioinformatics : a practical introduction / Wing-Kin Sung.
Publisher Boca Raton, FL : Chapman & Hall/CRC, c2010.


图书目录:
1.Introduction to Molecular Biology1
2.Sequence Similarity29
3.Suffix Tree57
4.Genome Alignment87
5.Database Search109
6.Multiple Sequence Alignment139
7.Phylogeny Reconstruction155
8.Phylogeny Comparison199
9.Genome Rearrangement225
10.Motif Finding247
11.RNA Secondary Structure Prediction281
12.Peptide Sequencing305
13.Population Genetics323



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