世界上第一份完整的人类蛋白质组学图谱（human proteome）的绘制工作已经开展了十几个年头。在这个过程中，我们也总结了很多的经验和教训，其中既包括技术方面的，也包括生物学方面的。

经验和教训

据Pontén介绍，HPA项目在免疫组化和大规模科研工作方面也积累了很多的经验和教训。比如他们发现，RNA测序数据就能够从侧面验证免疫组化的实验结果。当免疫组化与WB实验结果不一致时，他们也能够更自如地应对了。WB检测的是已变性的、二维的线性表位，而免疫组化检测的是三维的空间构象表位。这种区别可能就会导致实验结果不一致，因为有些抗体就只能够识别三维的空间构象表位。

据Pontén介绍，他们为此提出了一种解决方案，即换一种方法制备抗体。生产抗体的传统抗原都是短片段的多肽。但是HPA项目组制备抗体时使用的是较长的蛋白质片段，一般都含有50~150个氨基酸，而且选择的都是目标蛋白质中最具特异性的那一个部分，基本上都含有2个或3个抗原表位（抗体的识别部位）。这种多样性就增加了所生产抗体在WB实验、免疫组化实验和其它免疫学实验中识别出目标蛋白质的可能性。

据Uhlén介绍，所有这些免疫实验的实验结果并不仅仅依赖抗体与蛋白质之间的亲和力，同时也取决于待测蛋白质的丰度。由于很难检测到低丰度的蛋白质，所以往往需要用另外一种针对同样蛋白质的抗体来对实验结果进行验证，或者用RNA测序结果进行验证。

负责亚细胞蛋白质组学工作的Emma Lundberg认为，HPA对抗体开展的验证工作的重要性远远超出了最开始的预期。抗体能够与多种蛋白质结合，而且并不一定是目标蛋白质，这就是所谓的抗体交叉反应性，这会给蛋白质组学研究工作带来很多麻烦。“到最后，如果花掉大量的时间和精力对实验试剂进行验证，在进行结果解读时往往就会容易一些。” Lundberg介绍道。

Kampf表示，她在过去的好几年里已经收到过很多科学家发来的电子邮件，询问他们感兴趣蛋白质的研究结果什么时候才会公布。可是Kampf能够回复的只要三个字——“耐心等”。一般来说，针对某一个蛋白，从设计抗原到最终拿到确信的、验证过的、可以公布的实验结果，平均需要9~12个月的时间。

Pontén指出，科研人员还需要自己对结果进行提炼。其中有很多低丰度的蛋白质需要去发现。一些蛋白质则往往被忽视了，因为它们只在发育过程中的某一个时刻才会表达。还有一些蛋白质则根本就没有被纳入HPA的研究范围，因为没能获得含有这些蛋白质的组织样品，比如视网膜等样品。

HPA项目团队希望，科研界能够帮助他们指出图谱中的不足和错误。Pontén表示，至少还需要5年时间才能够给出人类蛋白质组图谱的“修正版”，到那时才能够达到教科书水准的权威性。

原文检索：

Vivien Marx. Proteomics: An atlas of expression. Nature, 28 May 2014; doi:10.1038/509645a

http://www.bio360.net/news/show/10498.html