《黄帝内经》18卷最早见于班固的《汉书·艺文志》，而将《素问》《灵枢》合称为《内经》，始自晋·皇甫谧的《针灸甲乙经》。《素问》《九卷》之名则最早见于张仲景《伤寒杂病论·序》，但是在现存文献中，直到晋代王叔和《脉经》才出现其原文。这一时期皇甫谧据《素问》《针经》《明堂孔穴针灸治要》三书内容分门别类，撰成《针灸甲乙经》12卷。齐梁间人全元起首次训解《素问》时，该书只剩八卷，可能已经亡佚了一卷。

隋唐时期，《素问》《针经》各有多种版本流传，以唐代杨上善《黄帝内经太素》和王冰《黄帝内经素问》影响最大，其中王冰对《素问》传世本进行了篇卷的较大调整和文字的校注增删，并补入七篇大论。王冰次注本由于改动较大，所以与前期《素问》传本有较大的差别。

《素问》传本至宋代，出现很多错讹，宋仁宗嘉祐年间，高保衡、林亿等奉诏整理医籍，林亿等参阅众本，正谬误，增注义，重新校正王冰次注的《素问》，定名为《重广补注黄帝内经素问》，此本成为后世《素问》刊行的定本。

《素问》现存最早版本是金刻残本，尚存11卷；通行本是明嘉靖二十九年（1550）武陵顾从德影宋刻本。1949年后人民卫生出版社有影印本和排印本出版。

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