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《黄帝内经》18卷最早见于班固的《汉书·艺文志》,而将《素问》《灵枢》合称为《内经》,始自晋·皇甫谧的《针灸甲乙经》。《素问》《九卷》之名则最早见于张仲景《伤寒杂病论·序》,但是在现存文献中,直到晋代王叔和《脉经》才出现其原文。这一时期皇甫谧据《素问》《针经》《明堂孔穴针灸治要》三书内容分门别类,撰成《针灸甲乙经》12卷。齐梁间人全元起首次训解《素问》时,该书只剩八卷,可能已经亡佚了一卷。
隋唐时期,《素问》《针经》各有多种版本流传,以唐代杨上善《黄帝内经太素》和王冰《黄帝内经素问》影响最大,其中王冰对《素问》传世本进行了篇卷的较大调整和文字的校注增删,并补入七篇大论。王冰次注本由于改动较大,所以与前期《素问》传本有较大的差别。
《素问》传本至宋代,出现很多错讹,宋仁宗嘉祐年间,高保衡、林亿等奉诏整理医籍,林亿等参阅众本,正谬误,增注义,重新校正王冰次注的《素问》,定名为《重广补注黄帝内经素问》,此本成为后世《素问》刊行的定本。
《素问》现存最早版本是金刻残本,尚存11卷;通行本是明嘉靖二十九年(1550)武陵顾从德影宋刻本。1949年后人民卫生出版社有影印本和排印本出版。
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