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甲骨卜辞中的“疾年”一词，反映了殷人已经认识到传染病与时令气候的变化有密切关系。

“六气致病说”是我国最早的“天人相应”的病因学说，据说是医和提出来的。《左传·昭公元年》记载：公元前541年，秦国名医医和为晋平公诊病。他认为晋平公患病不是鬼神降灾，晦淫过度可以使其发生内热盅惑之疾，明确提出了六气致病的观点。这说明了四点：第一，四时、五节、六气等变化在当时已被看作重要的病因；第二，五味、五声、五色等中医学概念已初步形成；第三，五行学说已经实际应用于医学；第四，六气致病的观点是后世病因学说的起源。

“六气致病说”是我国最早的病因学说，以后演变为《黄帝内经》的“风、寒、暑、湿、燥、火”六淫致病说。因此，中国古代医学一直认为，阴阳错位，四时失序，气候变异，产生乖戾之气，造成疫病流行。这种学说是古代医家对传染病的认识从“疫病”过渡到“外感病”的关键。《吕氏春秋》载：“孟春……行秋令，则民大疫”，“季春……行夏令，则民多疾疫”，“仲夏……行秋令……民殃于疫”（成书于汉代的《礼记》亦转载了这一说法）。说明古人已经认识到四季气候异常变化引起疫病流行，并知道疫病是具有传染性的。可以看出，古人具有深刻的“时气不和，致人疫疠”的观念。

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古人认为天地间存在一种致人疾病的“菑疠”，可以引起疫病发生和流行。这种天才的猜测，可以说与微生物学存在某种天然的联系。

《左传·哀公元年》说：“在国，天有菑疠。”杜预注：“疠，疾疫也。”《国语·周语下》说：“古者，天降灾戾。”颜师古注：“戾，恶气也。”菑、灾形异字同，疠、戾声同字通，此“灾戾”亦“菑疠”也。

《瘟疫论卷上·原病》说：病疫之由，昔以为非其时有其气，春应温而反大寒，夏应热而反大凉，秋应凉而反大热，冬应寒而反大温，得非时之气，长幼之病相似，以为疫，余论则不然，夫寒热温凉，乃四时之常，因风雨阴晴，稍为损益，假令秋热必多晴，春寒因多雨较之，亦天地之常事，未必多疫也，伤寒与中暑，感天地之常气，疫者感天地之厉气，在岁有多寡，在方隅有厚薄，在四时有盛衰，此气之来，无论老少强弱，触之者即病，邪自口鼻而入，……”

此外，空气失于清洁，秽浊腐臭，触之伤人。尤其是涝灾、战乱后，尸横遍野，未及掩埋，微生物病原体最易滋生繁殖，传播疾病，导致人类疫病的流行。《老子·道经》第三十章中，有“大军之后，必有凶年”之文。

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据张剑光考证，夏商周时期，我国已经产生了疫病预防思想。如在《周易》中，一再提到在疫病未发生时，要确立预防疫病的思想，要在精神上作好准备。为了预防疫病的发生，古人在个人卫生方面同样十分注意。譬如，在甲骨卜辞中已有个人洗面、洗澡、洗手、洗脚的记录。

同时，饮食卫生也是预防疫病的一个重要方面。《金匮要略·果实菜谷禁忌并治》告诫：“果子落地经宿，虫蚁食之者，人大忌食之。生米停留多日，有损处，食之伤人。桃子多食令人热，仍不得入水浴，今人病淋沥寒热病。”

此外，对环境卫生更为重视。甲骨卜辞中已表明当时已经实行人畜分居，尽量减少动物身上的疫病传给人类的可能性。《周礼》中讲到周代已经修建了路厕；在汉朝，都市普遍设立了公共厕所，当时称为“都厕”；唐、五代时，朝廷专门有管理厕所卫生的官员，城市的卫生设施在世界上处于领先地位。

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《黄帝内经》中没有关于温病的专篇。《素问・生气通天论》和《素问・阴阳应象大论》中“冬伤于寒，春必温病”的阐述，可以说是后世伏气温病学说的肇始。《素问・六元正纪大论》曰：“初之气，地气迁，气乃大温，草乃早荣，民乃厉，温病乃作，身热头痛呕吐，肌腠疮疡。”这似乎是新感温病的说法。

在温病病名的演变过程中，后世作出重要贡献的有：《难经・五十八难》提出“伤寒有五”的说法，其中含有温病，将温病涵盖在伤寒中。《伤寒论》第六条记述了温病的症状，但没有治疗方法，对温病的认识未出《黄帝内经》之藩篱。宋代庞安常《伤寒总病论》首先突破《伤寒例》温病仅只“伏寒变温”的单一模式，明确指出温病非止“不即成病者”，同时还存在“即时发病温者”。南宋郭雍《伤寒补亡论》载温病的“才感即发”和“有时而发”，也有其不容忽视的历史地位。金元四大家之一的刘完素对温病学发展作出了重要贡献，提出了“六气皆从火化”的著名观点，用药善用寒凉，是温病学说发展的一个转折点。元末明初的王履在其所著《医经溯洄集》中，提出“温病不得混称伤寒”，明确指出了温病与伤寒有不同的发病机理及治疗法则，还指出温病的病机是“火郁自内而达于外”，从病机与治法上将伤寒与温病区别开来。至明清时代，温病学的研究规模空前，温病理论自成体系，形成了“温病学派”。至此，温病学理论已基本成熟，温病学派基本形成。

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“疟”为“瘧”字的简化，《说文解字》曰：“疟，寒热休作。”段玉裁注：“寒热休作病，谓寒与热一休一作相代也。”

疟字的记载最早可以追溯到甲骨文，但是没有描述疟疾的具体症状。《周礼・天官》中有“秋时有疟寒疾”的记载，指出“疟寒疾”发于秋季，与《黄帝内经》的“秋善病风疟”相同。

最早描述“疟”的典型症状的是张家山出土文献《脉书・病候》（有人推测为扁鹊所著）：“身寒热，渴，四节痛。”《黄帝内经》中有两个专论疟的篇章，即《素问・疟论》和《素问・刺疟》，对“疟”的病因、病机、临床表现、针刺治法以及疾病分类等讨论得极其详细。

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关于“湿疫”的论述较风疫为多，但内容散见而不系统。危亦林《世医得效方·集证说》曰：“乍寒乍热，损肺伤气，暴嗽呕逆，或体热发斑，喘咳引气，名曰湿疫。”这是较早的对“湿疫”症状的描述。书中还论及“秋多淫雨，人患湿疫”，提到了湿疫与季节气候的关系，并以五苓散治疗。秦之桢《伤寒大白·疫病》曰：“湿疫，即时行伤湿病也。”将湿疫与寒疫、温疫、燥疫并列。章楠《医门棒喝·叶天士温热论》曰：“瘟疫白苔如积粉之厚，其秽浊重也，舌本紫绛，则邪热为浊所闭，故当急急透解。此五疫中之湿疫，又可主以达原饮，亦须随证加减，不可执也。”进一步阐明湿疫的证治。湿疫的概念及临床证治虽被屡屡提及，但较为系统的证治理论尚未形成，薛雪的《湿热条辨》可作参考。