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[转载]Science:新冠溯源最关键的数据被公布

已有 728 次阅读 2023-3-22 16:19 |个人分类:时事评论|系统分类:科普集锦|文章来源:转载

资料来源:病毒学界 ,2023-03-19 18:14 发表于上海

原题目“Science:新冠溯源最关键的数据被公布,指向这里、及这种动物——竟是九年前就被福尔摩斯拍过照的貉!”


(这两天新冠起源再次引爆媒体关注。注意题目:涉及起源的,基本都用了序列、数据、证据、研究等关键词)

新冠病毒起源再次引发美国媒体广泛关注,但是其内容却与两周前完全不同(下图)。两周前还在质疑实验室泄露、认为溯源仍是谜;今天则直接指向来自于动物的跨物种传染。


(新证据/数据,修正了溯源、扭转了论调。两周前还充满了神秘感)

对病毒起源理解的转变,是由于一项关键的数据被公布!

2023年3月16日下午,The Atlantic披露了一个十分关键的新闻引起了巨大关注【1】,这可以说是目前新型冠状病毒(SARS-CoV-2)起源最关键的一个证据,这源于中国疾控中心公布了Huanan Seafood Market(海鲜市场)的环境样本和动物样本的测序结果。


上周,中国疾控中心在GISAID公布了一组海鲜市场的测序数据,并标注了来源。该数据上传后,全世界研究SARS-CoV-2起源最著名的科学家Kristian Andersen,Edward Holmes和Michael Worobey迅速开始分析这一数据。

研究病毒起源唯一的方法就是病毒序列+进化树分析。关于SARS-CoV-2起源目前证据最完整的是科学证据,其中多种蝙蝠冠状病毒携带和SARS-CoV-2类似的冠状病毒;而在东亚、东南亚自然界中发现的RaTG13,BANAL-20-52和SARS-CoV-2已经比较接近,但依然缺乏和SARS-CoV-2一致的可与ACE2结合的RBD及S1/2的Furin蛋白酶切割位点序列。

因此,高度可能的情况是一种中间宿主在从蝙蝠到人类传播的过程中,形成了上述病毒特征。之前虽然认为穿山甲可能是中间宿主,但穿山甲携带的冠状病毒的序列与SARS-CoV-2相差较远,且无Furin位点。


(海鲜市场样本测序的基因相关性。图源:Ref 2)

这个最新上传的数据,显示在海鲜市场发现的raccoon dog(貉)含有大量的SARS-CoV-2;基于其含量,这些病毒不是环境携带的。福尔摩斯在九年前、同一个摊位拍照的动物,竟然是最可能的中间宿主!

2022年Science发表了两篇起源研究论文,精确预测了海鲜市场可能发生动物到人跨种传播的摊位。在分析这个最新上传数据几小时后,研究人员就确认他们的怀疑得到了证实。海鲜市场摊位29内和周围的几个摊位表面,包括一辆手推车和一台拔毛机,含有大量SARS-CoV-2阳性样本,其中还含有raccoon dog DNA。

特别值得一提的是,检出新冠病毒的29号摊位正是Edward Holmes预测可能发生跨种传播的地方;而早在九年前的2014年,他在同一摊位拍下了一张待售的raccoon dog(貉)照片,成为了Science文章中引用的照片。

更有趣的是,Holmes这个姓正是中文里也大名鼎鼎的“福尔摩斯”。


Edward Holmes 2014年到访华南海鲜批发市场,拍下了这只待售的raccoon dog(貉)照片。他帮助分析的新证据表明该地点同时存在 SARS-CoV-2 和这种易感物种。照片来源:EDWARD C. HOLMES。引用:SCIENCE

周二,上述科学家向WHO(世界卫生组织)进行了汇报,同时相关的中国科学家也参与了在线讨论。

参会的中国科学家表示,在3月9日上传的Nature preprint(预印版)文章中,他们展示了一部分发现的环境样本序列。在更早的preprint文章中,中国疾控中心病毒病所分析了2020年初海鲜市场的1380个环境和动物样本【2】。研究指出73个环境样本检测出SARS-CoV-2阳性,并在3处分离出了活病毒。分离出的病毒与HCoV/Wuhan/IVDC-HB-01基因序列同源性高达99.980% - 99.993%。但是这些数据不包含上传到GISAID上,被多国科学家下载并分析的数据。

目前,Kristian Andersen,Edward Holmes和Michael Worobey等科学家在加班工作,准备对GISAID数据进行全面系统分析,并会将结论尽快发表。Altantic文章表示,这一证据是一个关键证据,将使病毒自然起源的证据链得到完善,从而彻底否定很多阴谋论。

编者按:

新冠病毒的溯源在媒体中充满了峰回路转和“阴谋论”。

但实际上,科学家的观点始终如一:到目前为止,人类所有成功溯源的病毒,都源于测序后绘制进化树。没有序列的“溯源”都是“意见”,而不是真正的溯源(事实)。

这也是为什么说公布了海鲜市场动物携带病毒测序结果是最关键的证据。

参考资料来源

【1】 https://www.theatlantic.com/science/archive/2023/03/covid-origins-research-raccoon-dogs-wuhan-market-lab-leak/673390/
【2】 George Gao, William Liu, Peipei Liu et al. Surveillance of SARS-CoV-2 in the environment and animal samples of the Huanan Seafood Market, 25 February 2022, PREPRINT (Version 1) available at Research Square [https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1370392/v1]

声明:本公众号仅作已发表研究论文的数据分享和解读,供学术讨论,不具临床指导意义。

作者简介:王宇歌 博士,一直在美国从事病毒研究及新药/疫苗研发。微博:子陵在听歌。



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