所有高大的山系都是大河的源头。但阿尔卑斯山因为其距离海洋的距离不够远，该区长河不多，较大的河流只有多瑙河、莱茵河、罗纳河和波河。

其中最长的河流为多瑙河，是仅次于伏尔加河的欧洲第二长河，全长2850km。它发源于德国西南部的阿尔卑斯山北部支脉黑林山的东坡，自西向东流经奥地利、斯洛伐克、匈牙利、克罗地亚、塞尔维亚、保加利亚、罗马尼亚、乌克兰，在乌克兰中南部、罗马尼亚东部注入黑海。流域面积81.7万km²，河口年平均流量6430m³/s，多年平均径流量2030亿立方米。

莱茵河是发源于阿尔卑斯山的第二长河。是西欧第一大河，发源于瑞士境内的阿尔卑斯山北麓，西北流经列支敦士登、奥地利、法国、德国和荷兰，最后在鹿特丹附近注入北海。全长1232千米，

罗纳河位于阿尔卑斯山西端，流经瑞士和法国，流入地中海。法国五大河流之首，地中海水系尼罗河之后第二大河。全长812公里，流域面积9.7万平方公里。河口平均流量1710立方米/秒，平均年径流量539亿立方米。上游有著名的日内瓦湖。