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基于距离的RDA(db-RDA)

已有 22415 次阅读 2016-12-21 18:14 |系统分类:科研笔记

众所周知,普通的RDA需要两个数据,一个是响应变量矩阵,一个解释变量矩阵。在生态学上,响应变量一般是样方-物种矩阵。但是普通的RDA在排序图上反映的是样方之间的欧式距离,有时,我们并不是要展示的欧式距离,而且别的距离测度,比如如果响应变量是0-1数据,不能直接进行RDA分析,怎么办?这个时候,只能先算样方间的Jaccard系数或Sørensen系数矩阵,然后用计算相异矩阵的主坐标分析(PCoA),提取主坐标,将获得的主坐标矩阵作为响应变量,以可用的环境变量作为解释变量,运行和检验db-RDA。这样就可以巧妙解决了响应变量是0-1数据的问题。

代码可以参考《数量生态学-R语言应用》6.3.2.9基于距离的RDA分析




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