48个在线分析使用工具

萌大叔 2020-01-06

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在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前，在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具，广受欢迎，这里再补充16个。

基因结构绘制

1.Exon-Intron Graphic Maker

工具链接：

http://www.wormweb.org/exonintron

RNA二级结构

2.Mfold

工具链接：

http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold

3.RNAfold

工具链接：

http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

蛋白互作网络

4.String

工具链接：

https://string-db.org/

基因共表达网络

5.Coexpedia:

工具链接：

http：//www.coexpedia.org/

序列Motif

6.MEME

工具链接：

http://meme-suite.org/

7.Weblogo

工具链接：

http://weblogo.threeplusone.com/

基因信息查找

8.Genecard

工具链接：

http://www.genecards.org

序列展示

9.ESPript:

工具链接：

http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

Gene ID转化

10.BioMart

工具链接：

http://www.ensembl.org/index.html

11.g:profiler

工具链接：

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

12.UniPort Retrieve/ID mapping

工具链接：

https://www.uniprot.org/uploadlists/

13.bioDBnet

工具链接：

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/

韦恩图

14.Venny2.0

工具链接：

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

15.OmicShare 韦恩图工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn

三元图

16.Ternary plot maker

工具链接：

https://www.ternaryplot.com/

基因结构分析

17.FGENES

工具链接：

http://softberry.com/

范例结果：

系统发育分析

18.iTOL

工具链接：

https://itol.embl.de/

19.Evolview

工具链接：

http://www.evolgenius.info/evolview/

启动子预测

20.Promoter Scan

工具链接：

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

蛋白一级结构预测

21.PredictProte

工具链接：

https://www.predictprotein.org/home

22.ProtParam tool

工具链接：

http://web.expasy.org/protparam/

信号肽预测

23.SignalP

工具链接：

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

跨膜结构域

24.TMHMM Server v. 2.0

工具链接：

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

亚细胞定位

25.PSORT

工具链接：

https://www.psort.org/

蛋白三级结构预测

26.SWISS-MODEL

工具链接：

https://swissmodel.expasy.org/

27.Phyre2

工具链接：

http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index

短序列拼接

28.Cap3

工具链接：

http://doua.prabi.fr/software/cap3

GO富集分析

29.OmicShare GO富集分析工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html

KEGG富集分析

30.OmicShare KEGG富集分析工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html

趋势分析

31.OmicShare 趋势分析工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend

蛋白结构域预测

32.Pfam

工具链接：

http://pfam.xfam.org/search

33.SMART

工具链接：

http://smart.embl-heidelberg.de/

基因组杂合性评估

34.GenomeScope

工具链接：

http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2

圈图

35.CIRCOS

工具链接：

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

36.热图

Omicshare 热图工具

工具链接：

http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap

注释工具

37.Omicshare 注释工具

工具链接：

https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation

细胞标记

38.CellMarker

工具链接：

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp

circRNA数据库

circRNA

39. circBase

工具链接：

http://www.circbase.org/

40. CIRCpedia

工具链接：

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

small RNA

41. deepBase

工具链接：

http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

42. sRNAanno

工具链接：

www.plantsRNAs.org

lncRNA

43. TANRIC

工具链接：

http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview

44. NONCODE

工具链接：

http://www.noncode.org/

ceRNA

45. starBase

工具链接：

http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

46. miRSponge

工具链接：

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/

序列翻译

47. ExPASy Translate tool

工具链接：

https://web.expasy.org/translate/

48. ORFfinder

工具链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/