​Docker类似（但不是）虚拟机，能为某一个/一系列软件构建一个自己的宇宙/环境，让不同的软件之间不用相互影响，为用户解决所需下级软件/包/库的版本依赖。现在很多软件都提供了Docker的安装方式。现以基因预测软件augustus(https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus)为例，介绍其使用方法。

首先保证你的电脑上已经安装好了Docker。Linux系统貌似会自带Docker。你可以试着运行一下`$which docker`看它有没有安装，安装在哪里。我们组两台Ubuntu，都是18.04，一个在`/usr/bin/docker`，一个在`/snap/bin/docker`，第二个还是作为一个snap包安装的。看下版本，不要太旧，如果太旧就要重新安装，具体见官网（https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/）。

如果有root权限，Augustus可以通过`sudo apt install`进行安装，但不一定是最新版本。如果没有，官网对其Docker安装方式介绍如下：

git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
cd Augustus
docker build -t augustus .

第一行，下载该git repo

第二行，进入下载好的文件夹

第三行，在当前目录构建名叫augustus的docker镜像（image）

如果是第一次使用docker，可能会在第三行/步遇到权限问题：

Got permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket ***

这个主要涉及到谁能运行docker的问题，解决办法详见这个帖子(https://www.digitalocean.com/community/questions/how-to-fix-docker-got-permission-denied-while-trying-to-connect-to-the-docker-daemon-socket）。好吧，这里还是需要你的管理员。

太长不看版：

1. 创建一个叫docker的用户组（如果已经有了，忽略此步）

$ sudo groupadd docker

2. 把需要用docker的用户加入这个组

$ sudo usermod -aG docker ${user}

就好啦。

接下来，重复第三步，构建镜像。这里其实就是运行dockerfile里面的各种命令。好奇宝宝们可以`less`一下你的dockerfile。

$ docker build -t augustus .

安装完毕之后检查是否构建成功：

$ docker image list

嗯，能看见，最新版。那下面就是使用啦。如何使用一个docker镜像呢？有交互式(interactive)和离线式(detached)两种。按常规先学习交互式。

$ docker run -it augustus

it就是iteractive的缩写。`docker run -it augustus` 是根据augustus这个镜像（模版）新建一个容器（container）。容器相当于镜像的一个实现（instance），大概类似于python里面的类（class）和对象（object），如果镜像是巧乐滋生产线，那容器就是一个一个拿在手上正被吃的巧乐滋雪糕。

有没有发现，自己提示符前面变成了`root@我是一串随机数字加符号:~/augustus`。虽然在local host上面不是root，在Augustus的这个容器里面可是正主。当然，这个主要看Dockerfile怎么写的，不一定需要root。这一串随机数字加符号就是你新建的augustus牌容器的ID。不信可以新打开一个终端，输入：

$ docker ps

就能看见还在运行的容器里。其中第一列就是你的容器ID。等一下，最后一列的NAMES是什么鬼？程序员的笑点虽怪却high。

注：本文以augustus3.4.0的docker安装版为准，不同软件可能有细节出入，比如有可能是docker@容器ID，$pwd的结果自然也不一样，后面不再赘述。

回到容器所在的终端，看看自己在哪里（后面有用）：

$ pwd

我这里是/root/augustus. 还可以欣赏一下容器里面有什么。

$ ls

是不是跟你`git clone`下来的差不多，只是安装完成了，多了一个bin。看到这里你已经了解了，在augustus牌容器里面，linux命令可以照用。为啥？

$ cat /etc/os-release

原来这是一个以Ubuntu20.04为操作系统的容器，linux的命令自然可以用啦。如果是一个windows的容器就没法这么干了。所以尽管我的机器是Ubuntu18.04（好吧，我承认现在已经是2021年6月了），在这个容器里面是2020年4月后的新天地。

好了，下面要介绍如何在容器内读取容器外的文件。毕竟，我们要把基因组序列给augustus，它才能帮我们预测基因啊。方法有很多种，这里介绍一个加载卷(volumn)的办法。假装你的输入文件是`/home/xuegao/data/qiaolezi.fasta`，现在我们新建一个能看见它的augustus容器。语法如下：

docker run -it -v <path on host>:<path in container> <image>

填完括号之后就是：

$ docker run -it -v /home/xuegao/data/:/root/augustus augustus

`ls`一看，完蛋，之前/root/augustus里面所有的东西都看不见了，只能看见/home/xuegao/data里面的东西。这可以通过在容器里新建文件夹解决，不过不影响程序的运行，这里就不越写越长了。

root@containerID:~/augustus# augustus --species=snack --gff3=on qiaolezi.fasta > qiaolezi.gff3

发现文件太大，因为是远程登录，网络一不好就掉线了，交互式的container随即停止工作，看来还是要采取离线式。一旦提交之后，即使所在终端离线也没有关系，相当于后台提交了。离线式的语法是：

docker run -d -v <path on host>:<path in container> <image> <command>

你没有猜错，这里的d就是detached的意思了。套用到我们现在的情况就是：

$ docker run -d -v /home/xuegao/data/:/root/augustus augustus augustus --species=snack --gff3=on qiaolezi.fasta > qiaolezi.gff3

注：本文专注docker，对augustus的功能选项不做探究，因此不构成分析建议。

由于Augustus的输出是直接以stdout的形式，没法通过选项写入到某个文件，所以用了大于号想要重定向到qiaolezi.gff3。然而docker并不知道augustus命令到哪里结束，于是将docker run的stdout写入到了qiaolezi.gff3，导致运行了半天，qiaolezi.gff3里面只有该容器ID。要得到augustus的结果，需要使用 `$docker logs containID` 调出来。

在使用`docker run`的时候可以考虑添加选项`--rm`，表示任务完成后自动删除该容器，如果你没有加这个选项，就不要每次都新建一个容器，不然就等着手动删除吧（别问我是怎么知道的）。当然也可以批量删除：

$ docker rm -f $(docker ps -a -q)

好了奥古斯都，下面请开始你的表演。

关于如何给自己的软件构建dockerfile，先挖一个坑。也可根据以下链接自行学习：

https://matthewfeickert.github.io/intro-to-docker/。

祝大家docker/duān wǔ/愉快。