Benchmarking Metagenomics Tools for Taxonomic Classification 

摘要

Metagenomic sequencing is revolutionizing the detection and characterization of microbial species, and a wide variety of software tools are available to perform taxonomic classification of these data. 

宏基因组测序作为一项革命性的技术彻底改变了我们发现和鉴定微生物物种的方式，一系列对这些测序数据进行系统分类的软件也应运而生。

The fast pace of development of these tools and the complexity of metagenomic data make it important that researchers are able to benchmark their performance. 

工具越来越多样，但是宏基因组数据自有其复杂性，如何比较工具们的好坏？在一个公平的标杆下的性能评估迫在眉睫。

Here, we review current approaches for metagenomic analysis and evaluate the performance of 20 metagenomic classifiers using simulated and experimental datasets. 

本文描述了现有的宏基因组分析手段，并评估了20个系统分类软件在处理真实数据和模拟数据时的表现。

We describe the key metrics used to assess performance, offer a framework for the comparison of additional classifiers, and discuss the future of metagenomic data analysis. 

我们采取了一系列的标准来衡量这些软件的表型，这些标准构成一个框架，日后可以用来容纳并评价新的类似软件。我们还讨论了宏基因组分析的未来。

Cell啊，这样的选题应该是Briefings in Bioinformatics的水平，可见宏基因组测序的分析有多重要。而且这里还只是讨论了系统分类信息的处理。至少对我来讲功能的分析处理更为重要，也更为困难，工具也没有20种之多，基本是humann2一家独大然后不同实验室各自为战。期待功能分析的benchmarking。