QMSim 基因组数据模拟软件

概述

连锁不平衡（LD）和连锁分析已被广泛用于人类和家畜的数量性状位点（QTL）的定位。由于基因分型技术的发展，高密度的分子标记图谱可以应用于数种动物。

然后，即使基因分型成本大幅下降，大规模的全基因组关联研究仍然是昂贵的。模拟数据是一个非常有价值的工具，用于评估和验证新提出的方法以非常低的成本进行关联研究。在过去的几十年中，模拟在回答基因组学中的各种各样的问题方面起着重要的作用。目前已经开发了几种软件来模拟基因组，特别是在人类研究中。然而，大多数开发的软件工具不提供许多应用在畜牧业中所需的功能。

QMSim被开发来模拟家畜群体中的大规模基因组数据。QMSim是一个基于家系的模拟器，它也可以考虑到预先定义的进化特征，如LD、突变、瓶颈和扩展。模拟基本上分两步进行：第一步，模拟历史种群建立突变漂移平衡，第二步生成最近的种群结构，这是复杂的。QMSIM允许在模型中加入各种参数，以便产生合适的模拟数据。

特征

• 模拟历史世代，建立突变漂移平衡，建立连锁不平衡

• 模拟时会考虑重组和干扰

• 可以产生多个染色体，每每条染色体可以具有不同或相似的标记密度和QTL图

• 可以模拟非常密集的标记图和序列数据

• 丢失的基因型和基因分型错误可以模拟

• 标记可以是SNP或微卫星

• 雄性和雌性可在CM中具有不同的基因组长度

• 历史群体中也允许性别比例失衡

• QTL效应可以用不同的分布，如gamma分布、正态或均匀分布来模拟

• 除了QTL效应外，还可包括多基因效应

• 在突变漂移平衡后，可以选择具有预先定义的MAF阈值和QTL的多态标记面板

• 计算指定世代的LD衰减

• 历史和最近的群体都允许群体膨胀或瓶颈。

• 育种种群的选择和剔除可以根据不同的标准进行，如表型、估计育种值（可以由用户计算和输入）和真育种值

• 可以考虑一个以上的产仔概率与预定义的概率

• 可以模拟多个最近的种群或品系，允许跨越种群或品系

• 多个群体可以共同分析估计育种值和计算近亲系数

• 创建详细的输出文件，可以定制输出以避免不必要的数据保存

• 配备了快速、高质量的伪随机数发生器

• 允许灵活输入参数文件

• 计算效率高

下载文件

基于Windows和Linux的安装软件：http://animalbiosciences.uoguelph.ca/~msargol/qmsim/