育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

博文

关于SNP在染色体上的分布图怎么做

已有 10943 次阅读 2017-3-10 08:58 |个人分类:便捷操作|系统分类:科研笔记

经典图


当然这个图,代码比较复杂,今天来看另一个图

染色体图


这个图的数据是三列,snp | chr | Location,数据很简单,但是如果我没有发现这个包,那么实现的过程很麻烦。

OK,上代码
install.packages("synbreed")
library(synbreed)
library(synbreedData)
data(maize)
map <- maize$map
## look the format of the data
head(map)
# chr   pos
# M1   1  1.02
# M2   1  4.13
# M3   1  4.73
# M4   1 10.37
# M5   1 11.70
# M6   1 13.97
plot(map)

关注微信公众号,了解更多



https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1038646.html

上一篇:科学网能不能支持 makedown语法的试验
下一篇:用Jupyter学习R语言的第一步:安装
收藏 IP: 124.64.240.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-19 13:41

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部