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一直在做点TCR 免疫谱系偏向和二次重排的小实验。
一直对“无穷大”的TCR & BCR 组库“天书”迷茫---库的起源进化-机制-意义等以及如何解析?
2005年,高通量测序技术(HTS)的应用,为TCR & BCR 组库“天书”的解析带来一线曙光。
2007年,自己在日本实验室第一次申请用HTS测序“转TCR BV5 家族小鼠”TCR CDR3所有序列的实验未能获得批准(那时做一个Run 的454 HTS ,格在80万人民币以上),回来后,只好一边了解些实验技术和平台,一边等待着HTS服务的降价。
2009年,PubMed上,国外几个实验室"爆发似的“一下 发表了9篇 用HTS 测序分析TCR & BCR 组库“天书”的文章,随后的这几年,国外的TCR/BCR组库测序和数据分析平台等实验室和技术公司(或公共分析库)相继成立并逐渐完善,HTS解析免疫组库在基础[IMGT;Adaptive TCR;iRepertoire等等]和“拟”应用[韩教授的R10K;ImmuneSEQ和临床的合作等研究项目;华大基因免疫遗传研究中心等]上受到广泛的关注,HTS 技术的快速发展使得TCR & BCR 组库“天书”的解析成为可能。
2010年,自己申请到一个454 测序TCR & BCR 组库的国家自然科学基金(第一个获批),而且HTS服务价格一下子直线下降了(2010年国内做454测序一个Run降到20万人民币左右,可以几个实验组申请组合做一个Run,后来的2011年,降到12万左右1个Run),终于可以动手做点小实验了:
(1)2010年在上海美吉做了第一次TCR 组库的454 HTS 实验(双胞胎和母子样本)
(2)2011年在上海同济大学做了第二次TCR&BCR组库的454 HTS 实验(Balb/c 小鼠TCR样本和乙肝疫苗接种志愿者BCR样本)
(3)2012年在深圳华大基因做了第三次TCR&BCR组库的454 HTS 实验(SLE模型小鼠样本)
(4)2012年在美国ImmuneSEQ实验室做了第四次TCR&BCR组库的实验(多对双胞胎样本)
慢慢的,自己对HTS解析TCR&BCR组库的“技术、质控、数据分析、应用等等”有了个初步的了解,可是国内外参与到这个方向的实验室和科研人员,近3年却如火如荼的“赶集般的”增加起来,2009年时pubmed的 HTS和TCR/BCR组库的实验文章总共9篇,至现在pubme和会议交流的HTS和TCR/BCR组库文章已经150多篇了,而且有些应用工作已经在临床上开展起来了(造血干细胞和其他器官移植后的监测、白血病残余病变的诊断和监测等)。
想着自己HTS&TCR/BCR实验文章还是零,自己和临床合作也是止于起步阶段,体会做点小科研或应用小工作,单有idea不是很难,但是组织人力/财力/物力来踏实的、认真的执行和完成一个实验,对于一个小实验室,一个小科研工作者来说,真的还是蛮难的。
因TCR/BCR组库非常之复杂,还有太多的生物学问题需要回答,起个大早,希望能赶个晚集。
2013年03月30日于遵义
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