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武汉新冠病毒(WC-2019-nCoV)进化与溯源研究中需要探讨的问题和方向(2020-02-05)

已有 5048 次阅读 2020-2-6 15:22 |个人分类:科研工作者|系统分类:科普集锦| 2019, 武汉, 新冠病毒, 进化, 溯源

武汉新冠病毒(WC-2019-nCoV)进化与溯源研究中需要探讨的问题和方向

(2020-02-05)

1  WC-2019-nCoV进化与溯源研究目前的主要信息来源:

(1) Nature:《A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin》(https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7_reference.pdf--2020年1月23日BioRxiv, 2020年2月3日在线);

(2)Nature:《A new coronavirus associated with human respiratory disease in China》(Nature, 2020, doi:10.1038/s41586-020-2008-3-- 2020年1月7日手稿,1月28日接受, 2020年2月3日在线);

(3)Science《Mining coronavirus genomes for clues to the outbreak’s origins》(By Jon CohenJan. 31, 2020 , 6:20 PM,2020年01月31日);

(4)Science:《wuhan-seafood-market-may-not-be-source-novel-virus-spreading-globall》(https: //www. sciencemag. Org /news /2020 年01月27日);

(5)lancet:《Clinical features of patients infected with2019 novel coronavirus in Wuhan, China》(2020年1月24日thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext);

(6)NEJM:《Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia》(2020年1月29日10.1056/NEJMoa2001316)。

 

2  6篇文章中和WC-2019-nCoV进化与溯源的关键提示内容:

(1)2019-nCoV(NC_045512/29000 bp)与BatCoV RaTG13(MN996532/29855 bp-,武汉病毒所2013年采集于云南的中华菊头蝙蝠),二者序列同源性96%; 2019-nCoV与bat-SL-CoVZC45(MG772933)序列同源性为为89.1%; 2019-nCoV与SARS-CoV BJ01 (AY278488.2)的序列同源性为79.5% 。

 

(2)2019-nCoV与SARS-CoV采用相同受体ACE2(血管紧张素转换酶II )进入细胞,2019-nCoV受体结合蛋白(S) 与BatCoV RaTG13有93.1%的nt同源性,与SARSr-CoVs等的nt序列同源性都低于75%;2019-nCoV能从人类、中国马蹄蝠、果子狸、猪表达ACE2受体的细胞中进入(不能从小鼠ACE2受体的细胞进入)。

 

(3)2019-nCoV可能并非源于武汉华南海鲜市场:2019年12月1日首例感染患者/12月8-18日7个中的5个/2020年47个中的26个及191个中的172个,这些确诊的2019-nCoV肺炎和武汉华南海鲜市场不相关。

 

3  WC-2019-nCoV进化与溯源的重点问题和方向?

(1)目前和2019-nCoV最为密切的BatCoV RaTG13(2013年发现)株能否通过不同哺乳动物细胞的ACE2受体进入细胞?如何开展BatCoV RaTG13感染和突变的实验室研究?

 

(2)BatCoV RaTG13(2013年发现)进化到2019-nCoV(1100个碱基的不同)需要多少年?按常规的进化“方法”推算( 基因组的突变速率计算方法--碱基/位点/年)的结果如何分析?如果BatCoV RaTG13到人2019-nCoV中间宿主(目前未知)不同或自然/坏境等条件不同,基因组的突变进化速率的差异会有多大?

 

(3)目前WC2019-nCoV感染人群的临床特征中,潜伏期不同于SARS和多数流感病毒(表现为1-14天;无症状/轻症状/重症状多样化),是否存在WC2019-nCoV来源株(比如BatCoV RaTG13,2013年发现)直接在人群中进化的可能性(无中间宿主)?能否在武汉(或其他地区)的“感冒”(轻症状/无症状的感染人群中)检测到BatCoV RaTG13(通过接触、食用、实验等方式直接从蝙蝠到人体,无中间宿主)?如何在武汉(或其他地区)开展“感冒”人群中BatCoV RaTG13相关(BatCoV RaTG13或BatCoV RaTG13进化的中间状态)的检测和分析?

 

(4)武汉市2019年11月-12月份发生的早期肺炎患者,应重点追踪和溯源;2019-nCoV感染肺炎患者康复后血清2019-nCoV抗体进行监测,并同时在武汉市为主的健康人群中开展是否存在BatCoV RaTG13及相关的抗体监测进行对照分析溯源的研究;同时开展以武汉市为主的可能为中间宿主的各种动物中,新冠病毒及可能相关病毒的进化与溯源研究。-

 

(5)在全人类的传染病灾难面前!中国和国外“过去”和“现在“正在开展“冠状病毒”相关的临床和基础研究的研究者和实验室,应无条件公开、共享、合作所有的“实验研究内容和数据“,无论花多长时间,无论花多少代价,应彻底查清楚新冠病毒的来源和进化!

 2020年02月05日 于遵义


附1:2020年02月07日:华南农业大学召开新闻发布会宣布,发现穿山甲是新型冠状病毒疫情的潜在中间宿主(http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2020/2/435473.shtm)




https://blog.sciencenet.cn/blog-256680-1217270.html

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4 文克玲 尤明庆 杨正瓴 康惠骏

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