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最近更新:

20170517:对本文重新排版

20160127:改进了parse_taxa函数,已支持查询变型  f.  .

应中国科学院昆明植物研究所李嵘老师  （http://sourcedb.kib.cas.cn/zw/zjrc/sd/201508/t20150831_4418645.html）的意见，笔者为plantlist程序包增加status函数，  目的为查询每个学名是否接受。

plantlist程序包的最新版可以通过github  安装,  安装方法是:

library(devtools)

install_github("helixcn/plantlist")

阶段性的稳定版本，  可以通过rforge  安装，  安装方法是:

install.packages("plantlist",  repos  =  "http://R-Forge.R-project.org")

函数的参数:

status(species  =  NA,  exact  =  TRUE,spell_error_max  =  NULL)

1.  species为输入的字符串向量,  

2.  exact  表示是否进行精确匹配，如果不是精确匹配，则所有能用grep正则表达式匹配的结果都会显示。一般建议用精确匹配。

3.  spell_error_max  为所允许的最大的错误拼写的字母数量。

status函数对输入的species  物种名大小写不敏感,物种名的前后以及中间允许有多个空格， species可以通过包括或者不包括命名人（变型f.之前的命名人除外）。status函数可以用来查询变种  var.    亚种  subsp.  以及变型f.  否接受等信息.

使用方法:

library(plantlist)

####  建立一个物种名单

sp  <-c("Elaeocarpus decipiens",

                 "Syzygium  buxifolium",

                 "Daphniphyllum  oldhamii",

                 "Loropetalum  chinense",

                 "Rhododendron  latoucheae",

                 "Rhododendron  ovatum",

                 "Vaccinium  carlesii",

                 "Schima  superba")

####  检查名单内每个种的接受情况以及接受名

status(sp)

####  检查一个种的接受情况

status("Myrica  rubra")                                    ##  杨梅

status("Adinandra  millettii")                      ##  杨桐

status("cyclobalanopsis    neglecta   ")           ## 竹叶青冈

status("Lirianthe  henryi")                         ###  大叶木兰

同时检查几个学名的状态

status(c("Myrica  rubra",  "Adinandra millettii",

                 "Machilus thunbergii",  "Ranunculus japonicus",

                 "Cyclobalanopsis  neglecta"))

查询学名是否接受

status("Hypoxis  filifolia")

查询亚种是否接受

status("Hypoxis  kilimanjarica subsp.  kilimanjarica")

查询变种是否接受

status("Hypoxis  erecta var.  aestivalis")

查询变型是否接受

status("Hypoxis  hirsuta f.  villosissima")

####  重要提示：  由于表示变型的  f.  有时也用于命名人中，因此，用status函数在查询变型时，  请勿为种添加命名人，但是变型的命名人可以提供或者不提供，具体为:

####  "Hypoxis hirsuta  (L.)Coville  f. vollosissima  Fernald".（不接受）

####  "Hypoxis hirsuta  f.  vollosissima Fernald"（接受）

####  "Hypoxis hirsuta  f.  vollosissima"（接受）

张金龙  谨识

香港大埔

2016年1月27日