通过重命名的照片整理植物名录

jinlongzhang01@gmail.com

在生物多样性调查中， 数码照片是快速记录物种信息的手段之一。 调查人员如果对一个地点的植物已经足够熟悉， 无需将所有植物踏查结果写到记录本上， 而是对见到的每种植物拍照， 可回到办公室再进行鉴定和整理。 这样既提高了野外工作的效率， 也提高了鉴定的准确性。 植物照片， 作为的一广义的标本，若有疑问， 可以供专家进一步研究和分析， 并且， 实在有必要， 可以回到野外， 采集标本。

拍摄的照片， 一般是按照地点， 放到文件夹中。按照相机的品牌和型号不同， 照片的名称以IMG_，DSC或DSCN开头，后面是照片的顺序号， 除专业摄影师， 方便后期的处理， 保存为别的格式之外， 一般情况下， 照片均保存为.JPG格式。.JPG的扩展名一般不要修改， 否则在Windows中打开文件会遇到困难。

对照片的重命名， 一般用标准中文名称（中国植物志的正式中文名）， 这样便于管理。依据照片中的物种， 为植物重命名， 一般加在.JPG之前， 而前面的IMG以及顺序号均保留。 一些浏览照片的程序包，如ACDSee， XnView等， 提供重命名的快捷方式， 以及批量重命名的方法；天南星等网友准备的植物名称词库， 也可以快速准确的输入中文植物名，因此， 如果对照片中的植物熟悉的话， 对照片重命名一般可以很快完成。

有了重命名的照片， 可以用以下方法，快速生成植物名录。这里仍然用本人比较熟悉的R软件：

（注意： 本功能已经置于 R 程序包 plantlist中, http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=255662&do=blog&id=813796  ， 用户只需给出路径， 即可获得结果， 该结果同时包括APGIII系统的分科）

以下代码仅供参考， 请使用最新版（Ver 0.0.4）的 tpllist
定义一个R函数：
cnplist <- function(path){
   setwd(path)
   temp.photo.list <- list.files()
   photo.list <- temp.photo.list[grepl(".JPG", temp.photo.list)]
   list.res <- list()
   sp.list.cn <- unique(gsub(".JPG","",gsub("[0-9]","",gsub("DSC", "", gsub(pattern = "DSCN", "", gsub(pattern = "IMG_", replacement = "", x = photo.list))))))
   sp.list.cn <- sp.list.cn[!sp.list.cn == ""]
   sp.list.cn.data.frame <- as.data.frame(sp.list.cn)
   res <- merge(x = sp.list.cn.data.frame,  y = spdat, by.x = "sp.list.cn", by.y = "NAME_CN", all.x = TRUE )
   write.csv(res, paste("checklist.csv", sep = ""))
   return(res)
}

读取中文名学名对照表（参见本文附件 plantnames.csv ）：

spdat <- read.csv("plantnames.csv", header = TRUE)

#### 函数的使用方法举例
#### 列出梧桐寨瀑布文件夹下， 所有物种的名录
cnplist("C:\Plant photos database\2014\20140120梧桐寨瀑布")


#### 列出2014目录下，每个文件夹中包括的物种名：

dirs <- "C:\Plant photos database\2014"
aaa <- list.dirs(dirs)
for(i in 1:length(aaa)){
   cnplist(aaa[i])
}