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计算种间关联度(种间连接)的spaa程序包

已有 17482 次阅读 2010-5-18 19:37 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 连接, 种间关联, 半矩阵

编写一个计算种间关联的小程序是出于以下原因:

查阅了很多进行种间关联分析的论文,一直也没有提及用什么软件。 为此我觉得有必要编写一个程序包,用来进行群落数据的处理及种间关联度计算和绘图。

R当然成为首选,因为R是开源的,所有代码可见;同时又是免费的,不用注册,就可以使用R。

花费几天的时间,终于完成了。定名为spaa, 意为 species association analysis。可以在R的CRAN上下载

http://cran.r-project.org/web/packages/spaa/index.html


spaa中有如下几个函数:

data2mat 将物种列表转换为矩阵
freq.calc 计算物种频度
plot.lowertri 绘制半矩阵图
plot.network 绘制种间关联图 (有待进一步完善)
sp.assoc 计算种间总体关联性
sp.pair 计算物种两两之间的关联性
sub.sp.matrix 在总矩阵中,按照物种出现的频度筛选物种。








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