用RAxML构建极大似然进化树

 

RAxML是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的A. Stamatak博士。 性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件，由于算法的优势，具有更高的准确性。RAxML支持分隔模型，每个分隔模型又支持GTRGAMMA等进化模型。因此在多个基因建立进化树的时候，该软件能快速准确的获得极大似然进化树。

RAxML有若干版本（有的版本支持在多个CPU上运行），本文以最常用的单机版raxmlHPC为例。进行检验介绍。

调用RAxML中的功能时，需要设置相应的开关，一般是将命令拷贝到.bat文档中，通过运行bat文件，执行RAxML，以得到相应的结果。

更具体的内容参见使用指南。

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参见pdf文档

RAxML使用指南.pdf

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