张金龙

2010年1月4日

2016年10月17日修订

r8s是校对分子钟的著名软件，在分子进化领域有着广泛的应用，但是作者提供的可执行文件只有Mac版本，以及该程序的源代码，用户可在linux下对其源代码进行编译。下面介绍如何在Ubuntu Linux系统下编译r8s的源代码。

1 将r8s压缩包下载到本地，如存放在 “下载” 文件夹中

原代码网址为 http://loco.biosci.arizona.edu/r8s

由于上述网址已经不能下载，这里提供源代码下载： r8s.dist.tgz

2 源代码的解压缩
在Linux终端键入 cd 下载/,  
uncompress r8s1.71.dist.tar.Z
tar xvf r8s1.71.dist.tar
此时，出现了r8s1.71目录，该目录下有四个子目录，分别为 bin, doc, sample, src,其中src为需要编译的源代码。

3 源代码的编译  键入如下命令
 cd r8s1.71/src/
 make
 即可完成r8s的编译。

编译过程需要用到gcc编译器,一般情况下，系统均已经安装了gcc编译器，若没有安装，则可键入
sudo apt-get install build-essential

如果出现errno.h相关的错误， 则可以将以下代码按照如下提示更改

修改前： memory.o: /usr/include/errno.h /usr/include/sys/errno.h

修改后： memory.o: /usr/include/errno.h

参考 http://phylobotanist.blogspot.hk/2015/02/dated-phylogenies-my-experience-using.html