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一个群落beta多样性分析的完整R脚本

已有 19874 次阅读 2019-7-10 09:13 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记

本文给出Abbas S. et al. (2019)的完整R脚本,内容包括群落稀疏化曲线、beta多样性和指示种分析、mantel检验、NMDS非参数排序、空间关系的PCNM转换和前向筛选、方差分解等各种分析以及作图等,供感兴趣的同行参考。

本R脚本全部为本人编写,因群落数据本人无权公开,这里只公布R脚本。篇幅所限,部分数据分析段落有删节。如您有任何问题或者建议,请跟本人联系(微信 jinlongzhang01)。

因水平有限,脚本中难免出现错误,欢迎各位读者指正。

R脚本各部分内容如下:

  • 1 稀疏化曲线,用于比较个体数不同样方的物种丰富度

  • 2 Mantel检验两个距离矩阵的相关性是否显著

  • 3 指示种分析、PCNM、环境因子的前向筛选、物种组成的方差分解以及显著性检验

  • 4 betadisper检验beta多样性各组的离散度是否有统计差异,Mantel Correlogram展示距离矩阵相关的精细结构

  • 5 分析不同演替阶段生活型组成的变化

  • 6 提取丰富度最高的种

  • 7 NMDS分析,用以展示不同演替阶段样方物种组成相似性的关系


下载完整PDF文档 res.pdf。PDF文件中部分代码语句没有换行,造成显示不完整,关注本人微信公众号ecoinformatics(二维码见本文最后),直接查看html版本的代码。


参考文献:

  • Abbas, S., Nichol, J. E., Zhang, J., & Fischer, G. A. (2019). The accumulation of species and recovery of species composition along a 70-year succession in a tropical secondary forest. Ecological Indicators, 106, 105524. DOI:10.1016/j.ecolind.2019.105524








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1 许格希

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IP: 113.57.152.*   回复 | 赞 +1 [2]任捷   2020-12-29 13:44
老师您好,附件已经不能下载了,请问有别的途径可以下载吗?
IP: 223.71.53.*   回复 | 赞 +1 [1]许格希   2020-4-27 14:24
张博士,感谢您的无私分享。请教一下:spatial <- data.frame(POINT_X, POINT_Y)里面的地理坐标数据采用的是经纬度数据吗?不需要经过geoXY()转换?
回复  您好,许博士。地理坐标是HK80,这是一个直角坐标系。
2020-4-27 14:431 楼(回复楼主) 赞 +1 | 回复
回复  谢谢张博士。如果用的是经纬度数据呢?是否用geoXY函数进行转换再进行PCMN分析即可?
2020-4-27 16:302 楼(回复 1 楼) 赞 +1 | 回复
回复  geoXY是什么?
2020-4-27 16:333 楼(回复 2 楼) 赞 +1 | 回复
回复  SoDA包中的经纬度大地坐标:
Geodetic coordinates from latitude and longitude
我看可以将样方(不连续)的经纬度信息转换为相对位置。
2020-4-27 16:394 楼(回复 3 楼) 赞 +1 | 回复
回复  只要是great circle distance就可以
2020-4-27 16:485 楼(回复 4 楼) 赞 +1 | 回复

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