本文列出部分工具软件，涵盖论文写作、 排版、图片编辑、编程、文件管理、数据整理等方面，以开源软件为主，供感兴趣的老师同学参考。

文献检索

• SciHub

  https://sci-hub.tw/ 其实本来是个网站，可根据文档的DOI获取 PDF 全文。不过由于该网站经常不能访问，国内有高手开发了单机版，所以这里列出来：

• Sci-Hub桌面版

  https://zhuanlan.zhihu.com/p/31809890

• 网友Y叔制作的Mac版

  https://guangchuangyu.github.io/cn/2018/01/scihub/

• libgen

  http://libgen.io/下载电子书的网站，很多内容和Sci-Hub是集成的

文献阅读

• Foxit Reader

  https://www.foxitsoftware.com/pdf-reader/ 用于浏览PDF文件，小巧，与Adobe PDF Reader相比，注释工具更齐备

• Adobe PDF Reader

  https://acrobat.adobe.com/cn/zh-Hans/acrobat/pdf-reader.html
  Adobe公司推出的PDF浏览器，支持PDF的最新标准，只是部分功能不够人性化，有时候还是会用到的(如展示Beamer幻灯片)

文档编辑

• Libre Office

  https://www.libreoffice.org/ 一套开源的Office办公软件套装，对中文支持一般，如果没有购买MS Office，编辑Word文档一般用它

• WPS Office

  www.wps.cn/ WPS，国产办公软件，现在已经有Windows、Linux以及Mac版本

语法和拼写检查

• Grammarly: Free Writing Assistant

  https://www.grammarly.com/ 有Office插件、 浏览器插件（如Chrome、Firefox、Safari版本）以及单机版三种。又分为免费版和专业版，免费版可检查拼写错误以及低级语法错误，收费版能提出一些更好的写作建议。

记事

• Evernote

  https://www.evernote.com/ 可以在电脑以及手机终端等同步记事。从网页拷贝的内容有相应的meta信息。

• OneNote

  https://www.onenote.com/ 微软提供的笔记软件

文本编辑器

• NotePad++

  https://notepad-plus-plus.org/download/ 曾是Windows下最流行的文本编辑器，打开文件速度非常快。支持多种语言的代码高亮显示，通过插件还可将文档导出为多种格式，现在用户仍然非常多，不过很多人已经开始用VS code

• VS code: Visual Studio Code

  https://code.visualstudio.com/ 微软和开源社区共同维护的文本编辑器，可编辑各种常见编程语言的源代码以及书写Markdown文档等，主要依靠插件提供功能。

编程语言

R

• R

  https://www.r-project.org/ 统计学、经济学、语言学、生物信息学和生态学等领域非常流行的统计语言

• Rstudio

  https://www.rstudio.com/ Rstudio公司开发的R语言IDE，集代码编辑、帮助查询、debug、绘图、编译RMarkdown文档等为一身，是学习R语言必备的工具

• Rtools

  https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 是R-Core Team维护的编程工具套装，Windows用户如果要编写R程序包， 必须要安装这套软件。Rtools为Windows提供了多种Linux命令。

Python

• Python

  https://www.python.org/ 大名鼎鼎的人工智能编程语言。对于数据分析师来说，Python和R是两门必须要掌握的语言

• Anaconda

  https://www.anaconda.com/ Python的数据分析套装， 集成了SciPy、NumPy、PANDAS等多种程序包，只需在终端输入conda update --all 即可完成所有程序包的更新。

版本控制

• Git

  https://git-scm.com/ 最流行的版本控制软件，应用也非常广。作者是Linux内核的开发者 Linus Torvalds。github、gitlab等网站可以和git无缝衔接。

• TortoiseSVN

  https://tortoisesvn.net/ SVN的诞生比git要早，部分网站，如R-forge仍然在使用SVN作为版本控制工具

字典软件

• GoldenDict

  http://goldendict.org/ 可使用mdx等多种文件格式，同时可从维基百科等网页查询关键词

• Mdict

  https://www.mdict.cn/wp/?lang=zh 使用mdx文件，速度极快， 相应的字典资源也十分丰富

TeX排版

• MikTeX

  https://miktex.org/ Windows版本的Tex, 用户只需安装基本版，编译文档时，若程序包缺失会自动安装

• MacTeX

  www.tug.org/mactex/ Mac版本的TeX

• TeXLive

  https://www.tug.org/texlive/ TeX的另一个完整版本，支持多种操作系统

• TeXWorks

  TeX的跨平台编辑器，一般用来编译PDF，如生成幻灯片等， MikTeX、MacTeX、TexLive等套装都已经内置了TeXWorks。

公式编辑

• EqualX - LaTeX Equation Editor

  https://equalx.sourceforge.net/ Windows和Linux下的公式编辑器，可以选择相应的字母、括号等，用所见即所得的方式生成公式的Tex源代码，再拷贝到Tex文档中即可。也可以将生成PNG版本的图片，直接插入Word中。公式的图片是用Latex生成的，十分美观。

• Daum Equation Editor

  https://chrome.google.com/webstore/detail/daum-equation-editor/dinfmiceliiomokeofbocegmacmagjhe
  功能与EqualX类似

图片编辑

• XnView

  https://www.xnview.com/
  用于查看图片、转换大小、批量重命名、转换格式、添加滤镜等

• Greenshot

  getgreenshot.org/ Windows截屏软件

• paint.net

  https://www.getpaint.net/ 相当于 Windows画图的升级版，或者Photoshop的简化版，一般图片编辑已经够用了

• GIMP - GNU Image Manipulation Program

  https://www.gimp.org/ 功能强大的图片编辑软件， 部分功能可以和PhotoShop相媲美

• Inkscape

  https://inkscape.org/zh/ 用于编辑矢量图片以及PDF等，功能和Adobe Illustrator相当

• Scribus

  https://www.scribus.net/ 用于排版电子书， 功能和AdobeIndesign相当

PDF文档合并与转换

• PDFsam

  https://pdfsam.org/zh/ 用于分割和合并PDF文件

• pandoc

  https://pandoc.org/ 用于将Markdown源代码转换为html、pdf、word、ppt、epub等多种格式，也支持多种格式之间的相互转换。

收发邮件

• Thunderbird

  https://www.thunderbird.net/ 这是Mozilla的邮件收发客户端，功能非常人性化，很多方面甚至超过OutLook

收取RSS研究动态

• RssOwl

  www.rssowl.org/ 新文章上线时，学术期刊一般会同时更新RSS动态，通过RSS浏览器即可查看网站的更新，RssOwl和下面的SharpReader功能类似，界面也非常像收发邮件的客户端，当有新的论文上线时会给出提示

• SharpReader

  http://sharpreader.net/ 参见RssOwl的介绍

文献管理

• Zotero

  https://www.zotero.org/ Zotero是非常著名的文献管理软件，可以从PDF中自动提取文档的DOI，然后为PDF自动填入Meta信息。可管理10000条以上的记录。

• Mendeley

  https://www.mendeley.com/ Mendeley能通过PDF文档的DOI获取PDF的meta信息，也能够智能识别PDF中的标题、作者等信息，对中文文档的支持好过Zotero。

• JabRef

  www.jabref.org/ 如果需要管理Tex文献库，可考虑用JabRef。JabRef也可自动提取PDF中的meta信息

单机版文件检索

• Everything

  https://www.voidtools.com/ Windows下，可按照文件名快速搜索文档，速度极快

• EasyFind

  https://itunes.apple.com/us/app/easyfind/id411673888?mt=12 Mac下按照文件名搜索文件的工具，速度较慢

文件下载

• wget

  https://www.gnu.org/software/wget/faq.html#download 其实是Linux命令，但已被编译为Windows下的.exe文件，支持断点续传等。缺点是无界面。

• HTTrack Website Copier

  https://www.httrack.com/ 用于拷贝整个网站或者某个网页，生成本地可浏览的镜像。

共享文档

• Dropbox

  https://www.dropbox.com/ 可在不同设备之间同步文档、共享文件等

音频与视频

• VLC播放器

  https://www.videolan.org/vlc/index.zh.html 用于播放多种格式的视频和音频文档

• foobar2000

  https://www.foobar2000.org/ Windows下播放MP3的重要软件

远程管理

• Cyberduck

  https://cyberduck.io/ 用于上传、下载、同步FTP上的文档，支持多种保密协议

• FileZilla

  https://filezilla-project.org/ FTP下载和管理软件

• PuTTY

  https://www.putty.org/ 用于远程登录Linux客户端，并执行相应命令

文件压缩

• 7zip

  https://www.7-zip.org/ 支持多种格式的压缩和解压缩

• Keka

  https://www.keka.io/ Mac下的7zip替代软件

文件备份与同步

• FreefileSync

  https://freefilesync.org/ 部分文档修改之后，对备份的文件夹和原文件夹比较和同步

删除重复文件

• DoubleKiller

  https://www.bigbangenterprises.de/en/doublekiller/  删除重复文档，速度很快，但只有Windows版本

• DupGuru

  https://www.hardcoded.net/dupeguru/ 删除重复文档，速度稍慢，支持多种操作系统

物种分布数据整理

• OpenRefine

  https://openrefine.org/ 批量处理数据表中的拼写错误等，是数据整理的重要工具

• GEOLocate - Software for Georeferencing Natural History Data

  www.geo-locate.org/ 其实是一个网站，上传文档后，在地图上为某一条分布记录提取经、纬度，然后再将记录下载到本地

编辑GPS和地理标记

• GPSbabel

  https://github.com/gpsbabel/gpsbabel 用于将GPS生成的gpx航迹文件转换为kml文件，以便在Google Earth中查看

• Google Earth

  https://www.google.com/earth/ 谷歌地球，用于查看卫星地图、海拔、GPS航迹等

• ExifTools

  http://owl.phy.queensu.ca/~phil/exiftool/ 可读取和改写照片的EXIF信息，为照片添加GPS坐标等。

GIS

• QGIS

  https://qgis.org/ ArcGIS的开源替代版本

• SAGA-GIS

  http://www.saga-gis.org/en/index.html Windows版GIS工具集

• tmap

  https://github.com/mtennekes/tmap 虽然tmap只是R程序包，但是其作图功能已经能和GIS相媲美

  
  

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