R的Sweave函数是用来生成动态统计报告的函数：如果将R代码包括在统计结果的Latex源代码中，用Sweave处理后， 就可以生成包含相应代码以及统计结果的统计报告， 十分方便。不过Latex的各种标记比较零碎，除非经常使用，否则各种标记很容易忘记。此外用Sweave通过Latex源代码编译非英文的文档极容易出错， 又很难解决， 同时Sweave函数对R的代码高亮支持也不是特别好。为此， 以谢益辉（http://yihui.name/）为首的一群玩标记语言（Markdown, html, Latex）的大咖搞出了一系列工具以及Markdown 标记语言的变体Rmarkdown。Rmarkdown生成动态动态报告可以很方便得转换成pdf、html以及docx格式。对于R代码高亮的支持也是非常值得称赞的。

Markdown是一种极为轻量级的标记语言，创始人为 John Gruber（https://en.wikipedia.org/wiki/John_Gruber）。html、latex、RTF等都是标记语言：在纯文本的基础上添加一定格式的标记， 以实现特殊的功能。Markdown的目标是通过极为简单的符号以及规则， 对文档进行排版， 同时让源代码便于书写和更改。markdown在github网站有很广泛的应用， 用来撰写每个软件的说明， 以自动生成网页。markdown的扩展名为.md。顾名思义，Rmarkdown是专门为R设计的markdown语言，只能用在Rstudio以及一些R程序包中。

本文简要记述介绍在Windows下， 通过Rstudio基于Rmarkdown文档，生成中文的动态报告。而在其他平台上编译中文的Rmarkdown文档要简单得多。

需要的软件：

1. Rstudio （https://www.rstudio.com/）

2. MikTex套装 （https://miktex.org/）, 请注意要下载Win32版本

3. R （https://cran.r-project.org/bin/windows/base/）

需要安装的R程序包:

markdown ( install.packages("markdown") )

knitr ( install.packages("knitr") )

rticles程序包， 以编译为 提供更多PDF样式模板 （至2018年5月提供： acm_article，acs_article，aea_article，ams_article，asa_article，ctex，elsevier_article，jss_article，plos_article，pnas_article，rjournal_article，rss_article，sim_article等）

Rmarkdown的基本结构

Rmarkdown需要以用YAML表头开始。YAML是一种计算机标记语言， 用来提供文档的基本信息。YAML需要缩进来体现各部分内容之间的逻辑关系。一般来说， Rmarkdown的YAML信息包括最基本的三项， 其中冒号前为关键字， 冒号后为参数， 以指明该文档的作者， 时间， 许可证， 通过什么软件编译，输出方式等。

例如：

title: "Untitled"
author: "Anonymous"
output: html_document

正文内容与markdown的语法无异， markdown的正文中可以插入不同等级的标题，图片，表格，超链接，Latex的数学公式等等。Rstudio给出了参考卡片 （https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-chinese.pdf）

如果要编译中文文档，特别是生成pdf文档， 则需要更改YAML说明的output部分。设定
- \usepackage{ctex} 以及 pdf_document: latex_engine: xelatex

以下文档， 已经在Windows10 下已经编译成功：

##### R Markdown文档开始 ###########

---
title: "用R绘制 Color Checker"
author: "张金龙"
date: 2016-09-21
header-includes:
  - \usepackage{ctex}
output:
  pdf_document:
  latex_engine: xelatex
---

比色卡主要用于摄影时校正白平衡等， 在摄影，美术， 科学研究中有很广泛的应用。下面介绍用R如何绘制比色卡。

首先Color Checker 所需的RGB颜色，来源于 http://en.wikipedia.org/wiki/ColorChecker

ColorChecker Colorimetric Data, archived from the original on 2012-04-17, retrieved 2012-04-17


以下是R代码:

## 比色卡RGB颜色

sRGB <- c( "#735244", "#c29682", "#627a9d", "#576c43", "#8580b1", "#67bdaa",
           "#d67e2c", "#505ba6", "#c15a63", "#5e3c6c", "#9dbc40", "#e0a32e",
           "#383d96", "#469449", "#af363c", "#e7c71f", "#bb5695", "#0885a1",
           "#f3f3f2", "#c8c8c8", "#a0a0a0", "#7a7a79", "#555555", "#343434")

x =1:24
y =1:24
dim(x) <- c(4, 6)
dim(y) <- c(4, 6)

x1 = 2
y1 = -2

for(i in 1:6){
  for(j in 1:4){
    x[j, i]<- x1 + i*(13.5+2)
    y[j, i]<- y1 - j*(13.5+2)
  }
}

x2 <- x -13.5
y2 <- y -13.5

par(bg ='black', mar =c(0,0,.8,0))

#### 绘制背景
plot(1, xlim =c(5, 94), ylim =c(-77, -18), pch ="")

#### 绘制每种颜色的小方块

k =1
for(i in 1:4){
  for(j in 1:6){
    rect(x[i,j],y[i,j],x2[i,j],y2[i,j], col= sRGB[k])
    k = k +1
  }
}
mtext("Colour Checker in RGB",side =3, line=.01, col="white", cex =0.6)

##### R Markdown文档结束 ###########

将以上内容保存为.Rmd文件，并用Rstudio打开， 点击标题栏的Knit 即可编译为PDF。