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Materials Studio官方教程:Forcite——计算金属的熔化温度【1】
3、平衡晶体构型
下一步是导入fcc Cu结构。
单击Import按钮,导航至Structures\metals\pure-metals文件夹,双击Cu.xsd文件。选择File | Save As...,将其重命名为Cu_Solid。
要进行真实的分子动力学模拟,需要比单胞中的4个原子多得多的原子数。
选择Build | Symmetry | Supercell,打开Supercell对话框。将三个维度上的Supercell range均设置为10,单击Create Supercell按钮,关闭对话框。
将使用此结构作为共存计算的固体区域的基础。首先,在开始NPT运行之前,使用NVT系综进行短时间计算,以减少应力。由于这是一个初始构型平衡计算,将使用速度标度恒温方法,它能够非常快速地校正动能。
单击Modules工具条上的Forcite按钮,从下拉菜单中选择Calculation,或从菜单栏中选择Modules | Forcite | Calculation。
将Task设置为Dynamics,单击More...按钮,打开Forcite Dynamics对话框。将Ensemble设置为NVT,Temperature设置为1200 K,Frame output every设置为500。在Thermostat选项卡中,选择Velocity Scale为Thermostat,关闭对话框。
在Energy选项卡中,从Forcefield下拉菜单中选择Browse...,然后在Choose Forcefield对话框中,选择CuNi_Example.eam.alloy.off。
使用EAM表格化力场时,无需设置截断距离。在使用EAM时,Forcite将始终使用表格的全部范围。
注意:范德华表格化势能的情况并非如此。使用通常的范德华项截断距离,可在Forcite Non-Bond Options对话框上设置。
单击Run按钮,并关闭对话框。
当NVT运行后,将创建一个新的文件夹Cu_Solid Forcite Dynamics。计算任务完成后,NVT动力学计算的结果将存储在此文件夹中。
接下来,从轨迹的最后一帧开始运行NPT动力学计算。这确保晶格参数具有当前力场的正确平衡值,这可能与实验值略有不同。Andersen恒压方法只允许晶胞中的各向同性变化,这是合适的,因为晶胞应保持立方体。速度标度恒温方法可以以非物理方式改变原子的动力学,这可能会影响计算结果,因此建议使用NHL恒温方法。这对体系的扰动影响要小得多,因此最好用于构型生产运行。
确保Cu_Solid Forcite Dynamics\Cu_Solid.xsd为当前文档,并打开Forcite Calculation对话框,单击Setup选项卡上的More...按钮。
将Ensemble设置为NPT,Total simulation time设置为25 ps,Pressure设置为0.000101325 GPa。
在Thermostat选项卡中,将Thermostat设置为NHL,Q ratio设置为1。
在Barostat选项卡中,将Barostat设置为Andersen。关闭对话框。
单击Run按钮,关闭对话框。
将在现存的Cu_Solid Forcite Dynamics文件夹中,建立一个新的文件夹Cu_Solid Forcite Dynamics。当计算运行时,可以开始建立液体晶胞。
当计算运行时,应保存工程。
从菜单栏中选择File | Save Project,然后选择Window | Close All。
4、平衡液体结构
现在需要在高于熔化温度的温度下确定液态铜的密度。实验测定的熔点处,液态铜的密度为8.02 g/cm3。然而,此处使用的原子间势可能会产生不同的值。
将使用Amorphous Cell模块创建初始液态几何构型,并使用分子动力学对此进行平衡。这将在以后用于构建共存单元。
要使用Amorphous Cell模块创建液态单位晶胞,应从包含单个铜原子的原子文档开始。
选择工程根目录并创建一个新的3D原子结构文档3D Atomistic Document,将其重命名为Cu_Atom。
绘制一个铜原子。保存并关闭文档。
现在,将使用Amorphous Cell模块创建初始液态几何构型。由于目的只是在无序状态下创建初始构型,因此可以使用默认的力场Universal。
从菜单栏中选择Modules | Amorphous Cell | Calculation,打开Amorphous Cell Calculation对话框。
在Composition列表中,单击Molecule列,从下拉列表中选择Cu_Atom.xsd。将Loading设置为4000 ,Density设置为8.02。
单击Options...按钮,打开Amorphous Cell Options对话框。取消勾选Optimize geometry复选框,关闭对话框。
在Project Explorer单击树状根目录,单击Run按钮,开始结构创建过程。关闭对话框。
在Project Explorer中将创建一个新文件夹Cu_Atom AC Construct。
当Amorphous Cell计算任务结束后,将输出轨迹的单帧复制到一个新的原子结构文档中。
使得Cu_Atom AC Construct\Cu_Atom.xtd为当前文档。从菜单栏中选择Edit | Select All,然后选择Edit | Copy。
在工程根目录中创建一个新的3D原子结构文档,右键单击该文档,从菜单栏中选择Edit | Paste。
将该文档重命名为Cu_Liquid并保存。
现在,将在1500 K下建立平衡结构密度。将重复前面用于固体的步骤,这次使用更高的温度。
打开Forcite Dynamics Calculation对话框。将Ensemble设置为NVT,Total simulation time设置为5 ps,Temperature设置为1500 K。
在Thermostat选项卡中,将Thermostat设置为Velocity Scale。关闭对话框。
单击Forcite Calculation对话框上的Run按钮。
将创建一个新文件夹Cu_Liquid Forcite Dynamics,NVT计算结果将保存在该文件夹中。等待此计算完成,然后继续进行NPT动力学模拟。
由于该体系是一种液体,可以置入任何形状的单位晶胞中,因此可以要求模拟单位晶胞保持立方体。因此,Andersen恒压方法仍然适用。
确保Cu_Liquid Forcite Dynamics\Cu_Liquid.xsd为当前文档。
打开Forcite Dynamics对话框,将Ensemble设置为NPT,Total simulation time设置为25 ps。在Thermostat选项卡中,将Thermostat设置为NHL。关闭对话框。
单击Run按钮,开始计算,并关闭对话框。
与之前一样,在现存的Cu_Liquid Forcite Dynamics文件夹中,将创建一个新的文件夹Cu_Liquid Forcite Dynamics。现在应该等待所有正在运行的计算完成。完成后,将从液态NPT计算文本报告中获取密度值。
打开Cu_Liquid Forcite Dynamics\Cu_Liquid Forcite Dynamics\Cu_Liquid.txt文件。在该文件的底部,---- Dynamics summary ----部分,可以搜索到平均密度。
记下该数据以便之后使用。
保存工程。
从菜单栏中选择File | Save Project,然后选择Window | Close All。
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