基于结构的药物设计还包括基于片段的药物设计，基于片段的药物设计是指以蛋白质结构为基础，从药物片段为出发点，在片段上进行官能团的偶联或替换，实现全新药物设计的目的。基于片段的药物设计主要包括以下模块：

DS Ludi

全新药物分子设计工具。使用Ludi 来发现新的具有潜在活性的化合物，可节省研究者大量的时间。Ludi 强大的设计工具允许使用者在实验分析之前模拟筛选，并允许对已有的化合物进行改造。Ludi易于操作，它包含有drug-like 片段库，同时也允许用户将自己的分子片段加入到片段库中。

DS De Novo Evolution

在Ludi 算法基础上发展而来的基于受体的小分子药物从头设计方法。在给定母核结构的情况下，DS De Novo Evolution 可以自动地为研究人员设计潜在的与受体有高亲和力的全新小分子化合物，大大缩短了全新小分子药物发现及改造的周期，是设计Me-Better 类药物分子的有力工具。

DS MCSS

基于片段的小分子药物从头设计工具。可以将多个分子片段同时对接进入蛋白质的结合位点，寻找片段的最佳结合位置区域，是强有力的全新药物设计工具，也可以用来表征和分析蛋白质结合位点处的特性。

DS Grow Scaffold

基于化学反应生长片段工具。能够选取配体分子中某个原子或者某一个基团作为反应位点，选取经典的化学反应进行片段生长，如：酰胺合成反应、醚合成反应等。可选择性的采用MM-GBMV/SW模型优化配体分子或选取的部分蛋白分子侧链。最后根据蛋白口袋匹配特性枚举化合物并进行帕累托优化。通过这种方法设计得到的分子更易于实验合成。

DS Replace Fragment

基于电子等排体替换的骨架跃迁工具。可以在有受体蛋白结构的指导下进行或者脱离蛋白结构的需要单独进行。最后根据蛋白口袋匹配特性枚举化合物并进行帕累托优化。

综上：DS软件中包含基于片段的药物设计的全方位解决方案，可以实现基于片段的生长、连接、替换等。同时可以考虑添加片段的可合成行，使用常见的合成反应进行片段的生长。并且内置多种打分函数，判定添加片段对化合物活性的影响，实现药物的全新设计或指导化合物的改造设计。

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