基于结构的药物设计是指基于蛋白质结构进行药物的设计，药物小分子和靶点结合模式的分析，可以通过分子对接方法实现。分子对接技术是通过分子模拟技术搜寻小分子和靶点之间的相互作用模式，并通过打分函数筛选最佳的结合模式。药物分子和靶点结合模式的确定，可以帮助药物研究者进行先导化合物的筛选，或者对先导化合物进行改造和设计。DS中主要的分子对接模块包括如下：

DS LibDock

采用HotSpots匹配的分子对接算法，HotSpots包含极性和非极性两种类型，分别和配体中极性原子和非极性原子匹配。运算速度快，可以并行计算，适用于对大规模小分子数据库进行快速高通量虚拟筛选。

DS CDOKCER

基于CHARMm算法的分子对接程序，使用格点方法进行配体和受体结合位点的分子对接，打分函数采用配体作用势能，之后采用模拟退火的方法，将配体的构象在受体结合位点进行优化，从而提高分子对接的准确性。CDOCKER在对接过程中还可考虑药效团模型进行配体位置的限定，提高对接效率和精准性。计算精度高，适合于小分子作用机制的研究，指导小分子的改造设计。

DS Flexible Docking

考虑受体-配体“诱导契合”(Induced-Fit)的柔性分子对接程序，可以实现配体-受体双柔性对接，模拟配体-受体结合时候的“诱导契合”效应。Flexible Docking最大的优势在于准确，可以精准的研究配体-受体的相互作用信息，适用于小分子作用机制的分析。

DS GOLD Interface

DS提供了GOLD程序的接口，并提高了设置interaction filter的功能。需要用户有GOLD软件授权才能使用。

综上，DS软件对分子对接提供了全方位的解决方案，包括四种分子对接程序和20余种分子对接打分函数供药物研究者进行选择。同时DS中提供分子对接非键相互作用分析、化合物的改造设计官能团分析、非键热图的分析等多种分析工具。可以快速实现化合物的虚拟筛选或指导化合物的改造设计。

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