蛋白质改造设计的基础是蛋白质结构的信息，在获得蛋白质的结构之后，就可以进行蛋白质的工程化设计。蛋 白质设计是基于生物物理与生物化学原理，通过计算机模拟辅助，设计蛋白质氨基酸序列使其能够自发折叠形成设计预期的三维结构。人工设计的、具有全新结构和功能的蛋白质，将会广泛应用于生物医药和生物技术领域并产生深远影响。DS软件中蛋白质设计的相关模块为：

DS Protein Docking

快速而准确的蛋白- 蛋白（核酸/ 多肽）复合物结构预测工具。Protein Docking 采用经典可靠的ZDOCK 算法预测蛋白- 蛋白复合物结构，共包括ZDOCK、ZRANK、RDOCK 三个计算模块。ZDOCK 用于蛋白- 蛋白刚性对接，ZRANK 用于对ZDOCK 得到的结构进行基于能量的再次打分，RDOCK 则基于CHARMm 能量最小化方法优化ZDOCK 得到的结构。

DS Biopolymer

DS Biopolymer 可用于搭建和修饰蛋白质和小肽分子、将蛋白质复合物分成不同的组分、快速产生肽类或蛋白质分子的性质分析报告、计算蛋白的溶剂化能以及蛋白氨基酸残基pKa 值、计算蛋白偶极矩随pH 的变化、评估蛋白质的溶解性和黏度。

DS Protein Aggregation

预测抗体、蛋白、多肽等生物类型的药物在制造、生产过程的聚集效应，从而确定其稳定性。通过预测影响蛋白自聚集的氨基酸位点，来进行氨基酸突变，从而实现蛋白设计与优化。

综上：蛋白质设计模块包括蛋白质分子的性质预测，比如蛋白质理化性质的分析、蛋白质稳定性分析、蛋白质粘度计算、蛋白质聚集热点分析及蛋白质聚集倾向预测等。同时可以进行蛋白质虚拟氨基酸突变的设计，包括单电、双点、三点及多点突变等，涵盖蛋白质的亲和力和稳定性的设计。

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