BIOVIA Discovery Studio是一款综合的分子模拟软件平台，服务于生命科学领域和药物设计领域的科学研究者。分子模拟技术是从蛋白质结构为出发点，进行蛋白质的改造设计及性质预测的一门科学。所以蛋白质结构对于分子模拟是至关重要的，DS软件中采用同源建模模块Modeller进行蛋白质结构的构建，包括后续的评估及优化程序，具体DS中蛋白质结构建模的模块简介如下：

DS MODELER

只要给出未知结构序列与另一个已知三维结构且具有一定同源性的蛋白，利用工业标准的快速同源模建方法，便可自动并快速预测蛋白结构。可预测的蛋白结构类型包括酶、抗体、跨膜蛋白。对于靶标发现及蛋白家族功能结构分析，MODELER 是一个理想的解决方案。结合Sequence Analysis 模块，可以全自动完成抗体Fab 区、Fv 区、全长抗体以及双特异性抗体结构的模建。同时，MODELER 程序支持并行计算。

DS Protein Refine

利用CHARMm 对模建的蛋白质进行侧链和loop区的优化，提高蛋白同源模型的准确性。

DS Protein Families

分析蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三维结构上保守残基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能机制。

DS Protein Health

蛋白质三维结构合理性评价工具。Protein Health模块运用Profiles 3D 方法使用户可以方便快速地找到蛋白质结构中不合理的区域。

DS Sequence Analysis

Sequence Analysis 可以让用户使用BLAST 及PSI-BLAST 算法来搜索本地数据库或者NCBI 网上数据库，确定蛋白序列的同源区域。Discovery Studio 同时还支持抗体序列的注释功能、种系基因V 基因和J 基因的识别功能，以及基于蛋白序列进行蛋白翻译后修饰位点、抗原线性表位的预测功能和蛋白分子量、等电点、净电荷等生物物理学性质的计算功能。结合MODELER 和CHARMm 模块，还可实现抗体人源化，可自动预测并提供异源抗体序列中可人源化突变的残基位点信息及后续人源抗体序列中回复突变信息，尽可能减少抗体的异源性并且同时尽可能确保其结构稳定性以及抗原结合的特异性。

综上：DS软件同源建模模块不仅涵盖蛋白、膜蛋白、抗体等生物分子的结构构建，还包含建模完成后蛋白质分子间结合模式的预测及分析。为后续蛋白质工程化设计提供结构基础及改造设计方向。

Materials Studio是久负盛名计算模拟软件，问世20余年来，经过不断地迭代优化，使其功能异常强大，极易上手，初学者只需通过简单的参数设置和点击鼠标就能完成DFT计算。其计算可靠性久经考验，备受Nature、Science等顶级期刊认可。

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