紧接上文：

Materials Studio官方教程：DMol3——反应动力学【1】

3、创建反应轨迹

如果利用DMol3执行过渡态搜索，反应物和产物的所有原子都必须配对。这可以通过使用Tools菜单中的反应预览(Reaction Preview)功能实现。

首先，应将反应物和产物的结构并列显示。

打开ButadieneEthene.xsd和Cyclohexene Forcite GeomOpt\Cyclohexene.xsd文档。

选择Window | Tile Vertically，同时查看两个结构。

现在准备开始对反应物和产物结构中的原子进行配对。

从菜单栏中选择Tools | Reaction Preview。

打开Reaction Preview对话框。

Reaction Preview对话框

从作为反应物的环己烯分子开始更容易找到过渡态，因此过渡态搜索将从该结构开始。

从Reactant下拉树视图中选择Cyclohexene Forcite GeomOpt\Cyclohexene.xsd，并选择ButadieneEthene.xsd作为Product。单击Match...按钮打开Find Equivalent Atoms对话框。

可看到没有匹配的原子。

对于ButadieneEthene.xsd列表中的每个不匹配原子，选择Cyclohexene.xsd列表中的等效原子。从丁二烯片段中心的氢原子开始，这些氢原子相当于环己烯双键上的氢原子。

单击Set Match按钮。设置完所有匹配原子后，在每个3D原子文档中的某个位置单击一次，以取消选择所有原子和化学键。关闭Find Equivalent Atoms对话框。

提示：为了更容易选择正确匹配的原子，可将两个文档中的显示样式都更改为球棍模型。也可以在Display Options对话框中将Projection更改为透视Perspective，以帮助识别等效原子。

可以预览丁二烯和乙烯之间形成环己烯的反应。

在Reaction Preview对话框中，选择Base preview on reactant，然后单击Preview按钮。关闭对话框。

生成了一个名为Cyclohexene-ButadieneEthene.xtd的轨迹文档。此文档的动画提供了反应碰撞的近似描述。

单击Animation工具条上的Animation Mode下拉箭头，选择Bounce，然后单击Play按钮。

在轨迹文件中旋转结构，以便可以查看反应过程中几何构型的变化。

如果反应不正确，重复上一个匹配步骤并重新生成反应预览。

4、计算过渡态

现在已经准备好设置DMol³计算参数，并计算过渡态。

确保Cyclohexene-ButadieneEthene.xtd轨迹文件为当前文档。关闭其他文件。

打开DMol3 Calculation对话框，在Setup选项卡中，将Task更改为TS Search。确保Quality设置为Medium，将Functional设置为m-GGA和M11-L，勾选Spin unrestricted复选框。

单击More...按钮，打开DMol3 Transition State Search对话框。确保Search protocol设置为Complete LST/QST，将Quality设置为Medium。勾选Optimize reactants and products复选框，将Max. number QST steps设置为10，关闭对话框。

在Electronic选项卡，将Basis set更改为DNP+。单击More...按钮，并在DMol3 Electronic Options对话框的SCF选项卡上勾选Use smearing，关闭对话框。

在Properties选项卡中，勾选Frequency复选框。

在Job Control选项卡中，取消勾选Automatic复选框。在Job description中输入TS。

单击Run按钮，关闭对话框。

注意：在计算过程中，工作区中会显示多个不同的文档和一个LST/QST图，以给出计算的状态。特别是，LST/QST图通过显示LST、QST和CG（共轭梯度）的能量与路径坐标的关系来监测TS搜索的进度。

计算任务完成后，可以在TS.outmol文件中查看文本结果。TS.xod文件包含反应物、产物和计算得到的的过渡态的结构。

提示：可以在Properties Explorer中检查和更改收集文档中每个反应中各组分（反应物、产物和反应物）的能量。选择感兴趣的组分，从Filter下拉列表中选择Energy，然后双击TotalEnergy属性（单位：kcal/mol）以打开Edit Property对话框。例如，如果从其他计算中获得了其他信息，可以更改此能量。

提示：此计算使用相对直接的路径，其中LST/QST过渡态快速有效。对于更复杂的任务，请使用DMol3中的最小能量路径Minimum Energy Path任务，该任务提供了更稳定的过渡态搜索。

【系列教程】

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