紧接上文：

Materials Studio官方教程：DMol3——计算简单化学反应的势垒【1】

Materials Studio官方教程：DMol3——计算简单化学反应的势垒【2】

5、使用TS确认执行NEB计算

SN2reactant-SN2product.xtd轨迹文件包含在过渡态搜索中产生的所有结构。将在NEB计算中作为输入。

使得SN2reactant-SN2product.xtd为当前文档。

现在已准备好设置NEB计算参数。

打开DMol3 Calculation对话框。在Setup选项卡中，将Task更改为TS Confirmation。单击More...按钮，打开DMol3 TS Confirmation对话框。

TS Confirmation计算的几项收敛标准可以在此处设置。

从Path quality下拉列表中选择Coarse，关闭对话框。

这将通过仅计算6帧图像来加快计算速度。

在DMol3 Calculation对话框的Properties选项卡中，取消勾选Frequency复选框。单击Run按钮，关闭对话框。

在计算期间，数个不同的文件和一个LST/QST图将显示在工作区。它们报告了计算状态。特别地，SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd图表通过显示能量与MEP路径的之间关系的曲线图，并突出显示该路径上可能的驻点，监测过渡态搜索的进程。

在继续之后的操作之前，等待计算完成。

在SN2reactant-SN2product DMol3 TSConf文件夹中，双击SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd。

TS Confirmation搜索到两个新的极小值（图中用星号标记），其能量低于TS Search搜索到的过渡态。现在查看这些最小能量结构。

从菜单中选择 File | Save Project，再选择Window | Close All。

某些图表文档动态链接到关联的轨迹文档，可使用Chart Viewer工具在图表上选取点，从而在轨迹文档中显示对应的帧。

在Project Explorer中，双击SN2reactant-SN2product.xtd，再双击打开SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd。从菜单栏中选择Window | Tile Vertically。

单击Chart Viewer Selection Mode按钮，单击图表中的最低点。

3D Viewer中的结构将相应更新。这两个极小值对应于反应路径上的M1和M2点，见图1。事实上，氟原子距离碳原子3 Å的起始几何结构不是最低能量结构；相反，存在一种氟与CH₃F松散结合的状态。

过渡态实际上连接了这些松散结合的结构。理想情况下，它们是对称的，能量完全相等。由于计算中使用的参数精度有限，得到的结果是不对称的。可以尝试使用DMol³中的Medium或Fine设置生成对称曲线。

从菜单中选择 File | Save Project，再选择Window | Close All。

本教程到此结束。

本教程对应视频将在杨站长视频号、华算科技B站同步推送，敬请各位关注。

【系列教程】

Materials Studio官方教程：DMol3——计算化学反应的自由能【1】

Materials Studio官方教程：DMol3——搜索过渡态【1】

Materials Studio官方教程：DMol3——对固体进行几何优化【1】

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