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紧接上文:
Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【1】
Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【2】
Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【3】
8、能量分析
本节中,将要计算化学吸附能ΔEchem。化学吸附能的定义为:
CO分子中的原子相互倾斜,可以减少CO分子因自我排斥造成的能量增加。排斥能可由下式计算得到:
为计算这些性质,需要从每次模拟计算后得到的CASTEP文本输出文档中提取总能量。
在Project Explorer中,打开CO molecule/CO CASTEP GeomOpt文件夹中的CO.castep文件。按下CTRL+F键,搜索Final Enthalpy。记录下该行出现的值。对其他体系重复此操作,找到每个体系的总能量,并完成下表:
得到这些能量值后,即可利用上面的公式计算得到ΔEchem和ΔErep。它们的值应分别约为-1.79 eV和 -0.06 eV。
9、态密度(DOS)分析
接下来分析态密度(DOS)的变化。通过研究态密度,可以了解CO分子和Pd(110)面的成键机理。鉴于此,需要知道孤立的CO分子和(2×1) Pd(110)表面吸附CO分子的结构((2×1) CO on Pd(110))的态密度。
在Project Explorer中,打开CO molecule/CO CASTEP GeomOpt文件夹中的CO.xsd文件。
单击Modules工具条上的CASTEP按钮后的下拉箭头,然后选择Analysis,打开CASTEP Analysis对话框。
选择态密度Density of states。单击Partial单选按钮,取消选择f和sum复选框。单击View按钮。
创建了一个显示CO分子的PDOS的曲线图文件。
CO分子的PDOS
对(2×1) CO on Pd(110).xsd结构文件重复上述操作。
(2×1) Pd(110)表面吸附CO分子的PDOS
可明显看出,由于CO分子与表面相结合,在大约-20、-5和-2.5 eV时,孤立CO分子的电子态能量显著降低。
注意:Pd的默认赝势Pd_2017R2.otfg,将4s和4p半芯态视为价态。这导致算得的DOS在-84和-49 eV左右出现尖峰。上图不包括这些电子态,可以利用Properties Explorer更改X轴和Y轴的最大值和最小值来实现。
作为一个独立的练习,可以通过研究C和O原子产生的吸附复合物对PDOS的贡献来进一步分析PDOS。
按住SHIFT键并选择(2×1) CO on Pd(110).xsd文档中所有C和O原子。利用与上述操作类似的方法,生成分波DOS曲线图,该曲线图显示了与Pd电子态杂化的效果,表现为能级的展宽及向低能量的总体转移。
另有其他实验可作为独立练习进行,例如:
通过测试计算参数的收敛性,对结果的准确性进行研究:
使用明显增加的真空层厚度值(例如,15 Å而不是8 Å)重复化学吸附计算。
使用更精确的k点采样密度重复化学吸附计算;在CASTEP Electronic Options对话框的k-points选项卡中,使用0.03 1/Å的间距Separation生成更密集的k点网格。这一步骤可以重复几次,直到化学吸附能收敛到所需的精度。
与上一步骤类似,通过增加CASTEP Electronic Options对话框Basis选项卡上的截断能,重复计算;选中“使用自定义截断能Use custom energy cutoff”以进行此步骤。
衬底层数可以对计算结果产生实质性影响;通过在切表面时使用更大的分数厚度值Fractional Thickness,可以建立具有更多Pd层的表面结构以重复本教程。
可以利用偶极校正,优化平板模型中的表面计算结果,特别是在存在明显偶极矩的情况下,如在CO分子中。
通过在CASTEP Electronic Options对话框的SCF选项卡选择“应用偶极子校正Apply dipole correction”下拉列表中的“自洽Self-consistent”选项,可以应用此校正。使用该设置重复计算,查看其是否对CO的吸附能产生影响。
提示:在本教程中,建议对“电子最小化方法Electronic minimizer”设置选择All Bands/EDFT选项(在CASTEP Electronic Options对话框的SCF选项卡中)。默认的“密度混合Density Mixing”选项显示了这些计算中使用的细长薄单位晶胞的收敛问题。
还可以使用CASTEP Analysis对话框上的电势Potentials选项来分析静电势。单击Import按钮时,将创建静电势的平均分布曲线图。
提示:在应用偶极子校正和不应用偶极子校正的情况下,生成的曲线图存在差异。
注意:真空层厚度必须大于8 Å才能生成静电势图,因此如果要进行最后的练习必须增加真空层厚度。
本教程到此结束。
【系列教程】
Adsorption Locator模块—定位SO2分子在Ni(111)表面的吸附位置【1】
Amorphous Cell模块—演示如何将分子填充到现有结构中【1】
CASTEP模块——利用第一性原理预测AlAs的晶胞参数【1】
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