QHDXZJW的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/QHDXZJW

博文

Materials Studio官方教程:CASTEP——​CO分子在Pd(110)表面的吸附【4】

已有 6111 次阅读 2021-9-13 10:42 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

PUHUA.jpg

紧接上文:

Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【1】

Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【2】

Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【3】

8、能量分析

本节中,将要计算化学吸附能ΔEchem。化学吸附能的定义为:

11.jpg

CO分子中的原子相互倾斜,可以减少CO分子因自我排斥造成的能量增加。排斥能可由下式计算得到:

22.jpg

为计算这些性质,需要从每次模拟计算后得到的CASTEP文本输出文档中提取总能量。

在Project Explorer中,打开CO molecule/CO CASTEP GeomOpt文件夹中的CO.castep文件。按下CTRL+F键,搜索Final Enthalpy。记录下该行出现的值。对其他体系重复此操作,找到每个体系的总能量,并完成下表:

33.jpg

得到这些能量值后,即可利用上面的公式计算得到ΔEchemΔErep。它们的值应分别约为-1.79 eV和 -0.06 eV。

9、态密度(DOS)分析

接下来分析态密度(DOS)的变化。通过研究态密度,可以了解CO分子和Pd(110)面的成键机理。鉴于此,需要知道孤立的CO分子和(2×1) Pd(110)表面吸附CO分子的结构((2×1) CO on Pd(110))的态密度。

在Project Explorer中,打开CO molecule/CO CASTEP GeomOpt文件夹中的CO.xsd文件。

单击Modules工具条上的CASTEP按钮图片后的下拉箭头,然后选择Analysis,打开CASTEP Analysis对话框。

选择态密度Density of states。单击Partial单选按钮,取消选择fsum复选框。单击View按钮。

创建了一个显示CO分子的PDOS的曲线图文件。

44.jpg

CO分子的PDOS

(2×1) CO on Pd(110).xsd结构文件重复上述操作。

55.jpg

(2×1) Pd(110)表面吸附CO分子的PDOS

可明显看出,由于CO分子与表面相结合,在大约-20、-5和-2.5 eV时,孤立CO分子的电子态能量显著降低。

注意:Pd的默认赝势Pd_2017R2.otfg,将4s和4p半芯态视为价态。这导致算得的DOS在-84和-49 eV左右出现尖峰。上图不包括这些电子态,可以利用Properties Explorer更改X轴和Y轴的最大值和最小值来实现。

作为一个独立的练习,可以通过研究C和O原子产生的吸附复合物对PDOS的贡献来进一步分析PDOS。

按住SHIFT键并选择(2×1) CO on Pd(110).xsd文档中所有C和O原子。利用与上述操作类似的方法,生成分波DOS曲线图,该曲线图显示了与Pd电子态杂化的效果,表现为能级的展宽及向低能量的总体转移。

另有其他实验可作为独立练习进行,例如:

  • 通过测试计算参数的收敛性,对结果的准确性进行研究:

  1. 使用明显增加的真空层厚度值(例如,15 Å而不是8 Å)重复化学吸附计算。

  2. 使用更精确的k点采样密度重复化学吸附计算;在CASTEP Electronic Options对话框的k-points选项卡中,使用0.03 1/Å的间距Separation生成更密集的k点网格。这一步骤可以重复几次,直到化学吸附能收敛到所需的精度。

  3. 与上一步骤类似,通过增加CASTEP Electronic Options对话框Basis选项卡上的截断能,重复计算;选中“使用自定义截断能Use custom energy cutoff”以进行此步骤。

  • 衬底层数可以对计算结果产生实质性影响;通过在切表面时使用更大的分数厚度值Fractional Thickness,可以建立具有更多Pd层的表面结构以重复本教程。

  • 可以利用偶极校正,优化平板模型中的表面计算结果,特别是在存在明显偶极矩的情况下,如在CO分子中。

通过在CASTEP Electronic Options对话框的SCF选项卡选择“应用偶极子校正Apply dipole correction”下拉列表中的“自洽Self-consistent”选项,可以应用此校正。使用该设置重复计算,查看其是否对CO的吸附能产生影响。

提示:在本教程中,建议对“电子最小化方法Electronic minimizer”设置选择All Bands/EDFT选项(在CASTEP Electronic Options对话框的SCF选项卡中)。默认的“密度混合Density Mixing”选项显示了这些计算中使用的细长薄单位晶胞的收敛问题。

还可以使用CASTEP Analysis对话框上的电势Potentials选项来分析静电势。单击Import按钮时,将创建静电势的平均分布曲线图。

提示:在应用偶极子校正和不应用偶极子校正的情况下,生成的曲线图存在差异。

注意:真空层厚度必须大于8 Å才能生成静电势图,因此如果要进行最后的练习必须增加真空层厚度。

本教程到此结束。

【系列教程

Adsorption Locator模块—定位SO2分子在Ni(111)表面的吸附位置【1】

Amorphous Cell模块—演示如何将分子填充到现有结构中【1】

CASTEP模块——利用第一性原理预测AlAs的晶胞参数【1】

Materials Studio是久负盛名计算模拟软件,问世20余年来,经过不断地迭代优化,使其功能异常强大,极易上手,初学者只需通过简单的参数设置和点击鼠标就能完成DFT计算。其计算可靠性久经考验,备受Nature、Science等顶级期刊认可。

华算科技和Materials Studio官方代理深圳浦华系统联合推出Materials Studio建模、计算、分析课程。课程专为零基础学员设计,沿着理论讲解、模型搭建、性质计算、结果分析层层递进讲解,带你快速入门DFT计算。课程极度注重实操,全程线上直播,提供无限回放,课程群在线答疑。(详情点击下方图片跳转)

识别下方二维码报名,或者联系手机13005427160。

MS全媒体推广告.png



https://blog.sciencenet.cn/blog-2531381-1303988.html

上一篇:Materials Studio官方教程:CASTEP——​CO分子在Pd(110)表面的吸附【3】
下一篇:Materials Studio官方教程:CASTEP——计算BN的弹性常数
收藏 IP: 61.144.172.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-8-8 04:18

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部