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Materials Studio官方教程:CASTEP——​CO分子在Pd(110)表面的吸附【4】

已有 7305 次阅读 2021-9-13 10:42 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

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紧接上文:

Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【1】

Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【2】

Materials Studio官方教程:CASTEP——CO分子在Pd(110)表面的吸附【3】

8、能量分析

本节中,将要计算化学吸附能ΔEchem。化学吸附能的定义为:

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CO分子中的原子相互倾斜,可以减少CO分子因自我排斥造成的能量增加。排斥能可由下式计算得到:

22.jpg

为计算这些性质,需要从每次模拟计算后得到的CASTEP文本输出文档中提取总能量。

在Project Explorer中,打开CO molecule/CO CASTEP GeomOpt文件夹中的CO.castep文件。按下CTRL+F键,搜索Final Enthalpy。记录下该行出现的值。对其他体系重复此操作,找到每个体系的总能量,并完成下表:

33.jpg

得到这些能量值后,即可利用上面的公式计算得到ΔEchemΔErep。它们的值应分别约为-1.79 eV和 -0.06 eV。

9、态密度(DOS)分析

接下来分析态密度(DOS)的变化。通过研究态密度,可以了解CO分子和Pd(110)面的成键机理。鉴于此,需要知道孤立的CO分子和(2×1) Pd(110)表面吸附CO分子的结构((2×1) CO on Pd(110))的态密度。

在Project Explorer中,打开CO molecule/CO CASTEP GeomOpt文件夹中的CO.xsd文件。

单击Modules工具条上的CASTEP按钮图片后的下拉箭头,然后选择Analysis,打开CASTEP Analysis对话框。

选择态密度Density of states。单击Partial单选按钮,取消选择fsum复选框。单击View按钮。

创建了一个显示CO分子的PDOS的曲线图文件。

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CO分子的PDOS

(2×1) CO on Pd(110).xsd结构文件重复上述操作。

55.jpg

(2×1) Pd(110)表面吸附CO分子的PDOS

可明显看出,由于CO分子与表面相结合,在大约-20、-5和-2.5 eV时,孤立CO分子的电子态能量显著降低。

注意:Pd的默认赝势Pd_2017R2.otfg,将4s和4p半芯态视为价态。这导致算得的DOS在-84和-49 eV左右出现尖峰。上图不包括这些电子态,可以利用Properties Explorer更改X轴和Y轴的最大值和最小值来实现。

作为一个独立的练习,可以通过研究C和O原子产生的吸附复合物对PDOS的贡献来进一步分析PDOS。

按住SHIFT键并选择(2×1) CO on Pd(110).xsd文档中所有C和O原子。利用与上述操作类似的方法,生成分波DOS曲线图,该曲线图显示了与Pd电子态杂化的效果,表现为能级的展宽及向低能量的总体转移。

另有其他实验可作为独立练习进行,例如:

  • 通过测试计算参数的收敛性,对结果的准确性进行研究:

  1. 使用明显增加的真空层厚度值(例如,15 Å而不是8 Å)重复化学吸附计算。

  2. 使用更精确的k点采样密度重复化学吸附计算;在CASTEP Electronic Options对话框的k-points选项卡中,使用0.03 1/Å的间距Separation生成更密集的k点网格。这一步骤可以重复几次,直到化学吸附能收敛到所需的精度。

  3. 与上一步骤类似,通过增加CASTEP Electronic Options对话框Basis选项卡上的截断能,重复计算;选中“使用自定义截断能Use custom energy cutoff”以进行此步骤。

  • 衬底层数可以对计算结果产生实质性影响;通过在切表面时使用更大的分数厚度值Fractional Thickness,可以建立具有更多Pd层的表面结构以重复本教程。

  • 可以利用偶极校正,优化平板模型中的表面计算结果,特别是在存在明显偶极矩的情况下,如在CO分子中。

通过在CASTEP Electronic Options对话框的SCF选项卡选择“应用偶极子校正Apply dipole correction”下拉列表中的“自洽Self-consistent”选项,可以应用此校正。使用该设置重复计算,查看其是否对CO的吸附能产生影响。

提示:在本教程中,建议对“电子最小化方法Electronic minimizer”设置选择All Bands/EDFT选项(在CASTEP Electronic Options对话框的SCF选项卡中)。默认的“密度混合Density Mixing”选项显示了这些计算中使用的细长薄单位晶胞的收敛问题。

还可以使用CASTEP Analysis对话框上的电势Potentials选项来分析静电势。单击Import按钮时,将创建静电势的平均分布曲线图。

提示:在应用偶极子校正和不应用偶极子校正的情况下,生成的曲线图存在差异。

注意:真空层厚度必须大于8 Å才能生成静电势图,因此如果要进行最后的练习必须增加真空层厚度。

本教程到此结束。

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2025-1-18 18:391 婵犵數濮烽弫鍛婃叏閹绢喗鍎夊鑸靛姇缁狙囧箹鐎涙ɑ灏ù婊呭亾娣囧﹪濡堕崨顔兼閺夆晜绻堥弻锝嗘償椤栨粎校闂佸憡鎸诲畝鎼佹晲閻愬搫鍗抽柣鏃囨椤旀洟姊虹化鏇炲⒉閽冮亶鎮樿箛锝呭籍闁哄矉缍侀獮鍥敆婵犲懎鎯堥梻浣告惈閻绱炴笟鈧悰顕€宕堕澶嬫櫌婵炶揪绲藉鍫曟倶閸℃ḿ绡€鐎电増鐏氶崐鏇㈡儍閾忓湱纾兼い鏇炴噹閻忥紕绱掑畝鍐摵缂佺粯绻堝畷鍫曗€栭顒€鍠氶悢鍡涙偣鏉炴媽顒熼柛搴㈢矌缁辨帗娼忛埡鍌涙瘓闂佸搫鐭夌徊楣冨箚閺冨牆惟闁挎柧绮欓弫顏堟⒒娴h銇熼柛妯恒偢瀹曟劙宕归鍛濡炪倖鍔戦崺鍕触鐎n亶鐔嗛悹杞拌閸庢劖绻涢崨顐㈢伈婵﹨娅i幑鍕Ω閵夛妇褰氶梻浣烘嚀閸ゆ牠骞忛敓锟� 闂傚倸鍊搁崐宄懊归崶褏鏆﹂柛顭戝亝閸欏繒鈧箍鍎遍幏瀣触鐎n喗鐓曢柍鈺佸枤濞堛垹霉绾攱瀚� 闂傚倸鍊搁崐宄懊归崶褏鏆﹂柛顭戝亝閸欏繒鈧箍鍎遍幏瀣触鐎n喗鐓曢柍鈺佸枤濞堛垹霉绾攱瀚� +1 | 闂傚倸鍊搁崐鎼佸磹閻戣姤鍊块柨鏇炲€哥粻鏍煕椤愶絾绀€缁炬儳娼¢弻鐔煎箚閻楀牜妫勭紒鎯у⒔缁垳鎹㈠☉銏犵闁哄啠鍋撻柛銈呯Ч閺屾盯濡烽鐓庮潽闂佸搫鎳忛幃鍌炲蓟閵娾晜鍋嗛柛灞剧☉椤忥拷
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婵犵數濮撮惀澶愬级鎼存挸浜炬俊銈勭劍閸欏繘鏌i幋锝嗩棄缁炬儳顭烽弻锝夊棘閹稿孩鍎撻梺鎼炲妽缁诲啴濡甸崟顖氬唨妞ゆ劦婢€缁泛鈹戦娆炬綈闁绘搫绻濆濠氭晲婢跺﹦鐫勯梺鎼炲劘閸庮噣宕戦幘璇茬劦妞ゆ帒瀚悡鏇㈡倵閿濆骸浜濈€规洖鐬奸埀顒冾潐濞叉粓宕楀鈧妴浣割潨閳ь剟骞冨▎鎾村亱闁割偒鍋呯紞妤呮⒒閸屾艾鈧兘鎳楅崜浣稿灊妞ゆ牗绮庨惌娆撴煙閻戞﹩娈曢柛瀣剁節閺屽秵娼幍顔跨獥闂佹悶鍊栧ú鏍箒闂佺ǹ绻愰崥瀣磿濡ゅ懏鐓涘ù锝呮憸鏍℃繛锝呮搐閿曨亪骞冨▎鎰剁矗婵犻潧妫欓鍕攽閻愯尙鎽犵紒顔奸叄瀹曟垿骞橀懜闈涘簥濠电娀娼уú銊у姬閳ь剟姊虹粙鎸庢拱缁炬澘绉撮埢鎾活敇閵忊檧鎷洪梺褰掝暒濡炴帞鑺辨繝姘厽闁哄稁鍋勭敮鑸点亜椤愩垻绠茬紒缁樼箓椤繈顢楅崒銈喰ч梻鍌欑閻ゅ洤顩奸妸褎濯奸柡灞诲劚绾惧鏌熼幑鎰靛殭缂佺姵鐩弻鈩冨緞鎼淬垻銆婇梺鍛婃缁犳垿鈥旈崘顔嘉ч柛鈩冾殘閻熸劙姊洪悡搴℃毐濠⒀冩捣閸掓帗绻濆顓炩偓鐑芥煟閹寸偍缂氶柛姗€浜堕弻锝嗘償椤栨粎校婵炲瓨绮嶇换鍫濈暦閹惰姤鎯為柛锔诲幘閿涙粓姊虹粙鎸庢拱婵ǜ鍔岄悺顓㈡⒒娴e摜鏋冩俊顐㈠钘濇い鏍ㄧ箘娴滄瑩姊绘担鍛婂暈闁告棑闄勭粋宥呪攽鐎n亞鐛ラ梺鍦劋濮婅崵澹曟禒瀣厱閻忕偛澧介幊鍛亜閿斿ジ妾柕鍥у楠炲鈹戦崶褎鐣婚柣搴ゎ潐濞诧箓宕圭捄铏规殾缂佸顕抽弮鈧幏鍛存⒐閹邦厼浜濆┑鐘茬棄閺夊簱鍋撹瀵板﹥绂掔€n亞鏌堝銈嗙墱閸嬫稓澹曠捄銊㈠亾楠炲灝鍔氭い锔垮嵆閹繝寮撮姀锛勫幐闂佹悶鍎崕杈ㄤ繆閻撳篃鐟扳堪閸曨厾鐓夐梺璇″枙缁瑩銆佸☉妯锋閺夊牄鍔庨弳顓犵磽閸屾瑦绁板鏉戞憸閺侇喖螖閳ь剙鐜婚懗顖滅杸婵炴垶岣块崢鍛婄箾閹剧澹樻繛鑼█瀹曟垿骞樼拠鑼啋闂佸憡鎸烽懗鍫曟晬濠婂牊鐓涘璺猴功婢ф垿鏌涢弬鎸庢崳缂侇喖顭烽幃娆撴倻濡厧骞嶉梻浣瑰劤濞存岸宕戦崨顖欑剨闂傚牊鑰借ぐ鎺撳亼闁告侗鍨抽弳銈夋倵鐟欏嫭绀冪紒顔肩箻钘濋柛娆忣槶娴滄粓鏌曟径娑氱暠濠殿喖绉归弻鈥崇暆鐎n剛袦闂佽鍠楅悷褔鍩€椤掑倹鏆╃痪顓″煐閹便劑宕惰閺€浠嬫煟濮楀棗鏋涢柣蹇d邯瀵悂顢旈崼鐔哄帾闂佹悶鍎崝灞炬叏閸懇鍋撻崹顐g凡閻庢矮鍗抽悰顕€宕堕澶嬫櫈闂佸磭鎳撻悘婵嬪礉濮樿埖顥嗗鑸靛姈閻撱儲绻濋棃娑欘棡闁革絾妞介幃褰掑箛閵娿垹浜鹃柟棰佽兌閸炵敻姊洪懡銈呮灈闁稿锕畷鏇㈠籍閸喓鍘靛銈嗘磵閸嬫捇鏌¢埀顒勬焼瀹ュ懐顔嗛梺鍛婁緱閸ㄦ娊鎯屽▎鎾崇閻庢稒蓱鐏忣厼霉濠婂懎浜鹃柟渚垮妼閳规垿宕卞鍏艰晧濠电偛鐡ㄧ划搴ㄥ箠閹剧儵鈧妇鎹勯妸锕€纾柣鐐村喕缁辨洖锕㈤崨顓涙斀闁绘劗鍎ら敍鐔兼煕濡や礁鈻曠€殿喖顭锋俊鎼佸Ψ閵忊剝鏉搁梻浣虹《閸撴繈鏁冮埡浣勬盯鏁嶉崟顓狅紲濠德板€撶粈渚€鎮樼€涙ɑ鍙忓┑鐘插暞閵囨繃淇婇銏犳殻闁糕晪绻濆畷鐔碱敇瑜庢晥闂傚倸鍊风粈渚€骞夐敓鐘茶摕闁靛ě鍕簥闂佸湱鍎ら〃鍛不閺屻儲鐓忛煫鍥ь儏閳ь剚娲熷畷姗€鍩€椤掑嫭鈷戦梻鍫熶腹濞戞矮娌Δ锝呭暞閺嗗懏绻濋悽闈浶ラ柡浣规倐瀹曟垿鎮欓崫鍕€梺鍓插亝濞插繘鍩€椤掆偓閸熸潙鐣锋總绋课ㄩ柨鏇楀亾濞寸媭鍘奸埞鎴︽偐缂佹ɑ閿梺缁橆殔缁绘帗绔熼弴鐔洪檮闁告稑锕ら埀顒傛暬閺屻劌鈹戦崱娆忓毈缂備降鍔岄…鐑藉蓟閿熺姴骞㈡繛鎴烆殕閸犳岸姊洪崫鍕効缂傚秳绶氬顐﹀箛椤撶偟绐為悗鍏夊亾闁逞屽墴瀵娊顢曢敂钘夆偓鐢告偡濞嗗繐顏紒鈧崘鈹夸簻闁靛ǹ鍎诲銉╂煟閿濆懎妲绘い顐g矒閸┾偓妞ゆ帒瀚ㄩ埀顑跨窔瀵噣宕煎┑鍡氣偓鍧楁⒑閸愬弶鎯堥柛濠冨姍婵℃悂濡烽姀鈩冩澑闂備胶绮崝鏍п缚濞嗘挻鍊堕柨鏇炲€归悡娆撴煕濞戞﹫鏀婚柛濠冨姍閺屸剝鎷呯粙鎸庢婵犵鈧磭鍩g€规洜鍘ч埥澶娢旀担鐑樼稁闂傚倸鍊烽懗鑸电仚闂佹椿鍓欓妶绋跨暦閹达附鍊烽柛婵嗗閿涙盯姊洪棃娴ュ牓寮插⿰鍫熷亗闁绘柨鍚嬮悡娑㈡煕閹扳晛濡奸柍褜鍓欓埀顒傚枑閿涘倿姊婚崒娆掑厡閺嬵亝銇勯幋婵囶棦妤犵偞鍔栫换婵嗩潩椤掑偆鍞甸梻浣告啞缁嬫帒岣垮▎鎰嚤闁绘ḿ绮悡蹇擃熆鐠団€崇仩闁瑰啿绻愰埢鎾诲川婵犲嫮鐦堢紒鐐緲椤﹁京澹曢崸妤佺厱閻庯綆鍋勯悘瀵糕偓瑙勬礃閸旀洟鍩ユ径鎰潊闁冲搫鍊瑰▍鏃堟煟閻斿摜鐭婄紒澶婄秺瀵偊宕橀纰辨綂闂侀潧鐗嗙€涒晠寮插⿰鍫熲拺闁告稑锕g欢閬嶆煕椤垳閭€殿喗鎮傚浠嬵敇閻斿皝鍋撻崹顐闁绘劘灏欐禒銏ゆ煕閺冣偓绾板秹骞堥妸鈺傛櫜闁告劑鍔屾慨锕傛倵濞堝灝娅橀柛锝忕到閻g兘骞掗幊铏閸┾偓妞ゆ帊鑳堕々鎻捨旈敐鍛殲闁稿鍓濈换娑㈠幢濡ゅ啰顔囧銈呮禋娴滎亪寮婚敐澶娢╅柨鏇楀亾闁诲骏闄勯妵鍕Ω閿濆懎濮﹂梺璇″枟閻熲晛鐣烽敐鍡楃窞濠电姴瀚畷娲⒒閸屾瑨鍏岄柟铏崌楠炲鏁嶉崟顒佹闂佽法鍠撴慨鎾垂閸屾鏃堟晲閸涱厽娈查梺鎼炲€栭崹鍧楀箖瑜版帒浼犻柛鏇ㄥ墯閸庢挾绱撴担鍝勑i柛銊ョ仢椤繘鎼圭憴鍕彴闂佸憡鐟ラˇ鏉跨暦閹惰姤鈷戦弶鐐村椤︼箓鏌熼懞銉х煉鐎规洘宀搁獮鎺懳旀繝鍐╂珫婵犵數鍋為崹璺侯潩閵娿劊浜归柟顖嗏偓閺€鑺ャ亜閺傛娼熷ù鐘崇矒閺屾稓鈧綆鍋呯亸鐢告煃瑜滈崜婵嬶綖婢跺⊕楦跨疀濞戞ê鐎繛瀵稿Т椤戝懐绮婚弽顓熺厪闊洤顑呴埀顒佺墵閹繝濡烽埡鍌氣偓鐢告煥濠靛棝顎楀褏绮穱濠囧箵閹烘柨鐓熷┑顔硷功缁垳绮悢鐓庣劦妞ゆ巻鍋撳畝锝堝劵椤︽煡鎽堕悙鐑樼厵缂備降鍨归弸娑氱磼閻欌偓閸ㄥ爼寮婚妸鈺傚亞闁稿本绋戦锟�
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