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Materials Studio 入门到精通[2]:导入晶体结构和调整显示方式

已有 10007 次阅读 2021-4-12 15:11 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

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Materials Studio 入门到精通[2]:导入晶体结构和调整显示方式

作者:Ravi

大家好,小MS今天又来报到啦,从前面几次的课程中大家有没有一些收获呢?上次我们讲到每个计算方法所包含的模块,其中有一个叫做CASTEP的模块,不知道大家还有没有一点印象呢。请回答:CASTEP模块所采用的计算方法是?

是的,就是量子力学方法,您有没有回答正确呢?大家可能还记得,CASTEP模块仅可以计算具有周期性结构的模型,现在我们就来导入一个晶体结构吧。请大家打开您的Materials Studio,开始我们第一次计算旅程。您的Visualizer界面有没有Project(项目)区、Properties(性质)区和Jobs(任务)区呢?如果没有的话,还记得怎么调出这些区域吗?这是我们再上节课学习的内容,提示一下,可以从View菜单中,然后还记得吗,是的,在Explorers选项里,您想要的内容我们都有。MS预置了很多晶体结构模型,这些都可以从结构文件中找到。我们有两种方式导入结构文件,可以通过右击工程名称,选择Import...,也可以从File菜单中选择Import选项,均可以打开“导入文件”对话框。

右击工程名称,选择Import...

File菜单中选择Import选项

File菜单中选择Import选项在Structure文件夹中有大量的结构模型,包括催化剂、陶瓷、玻璃、金属氧化物、金属、矿物、分子晶体、纳米管、有机物、高分子、重复单元、半导体、分子筛等不同的分类,我们要打开的是陶瓷文件夹下的金刚石结构模型,这是我最喜欢的结构啦,博士生涯全部献给这种具有各种极端性质的bulingbuling的晶体。

打开晶体结构文件当我们导入了晶体结构之后,就会在Project区域多出一个3D结构文件(后缀为.xsd),而在右侧的界面中打开这个金刚石晶体结构文件。这个结构好像和我们平时看到的晶体模型不太一样?那您通常看到的晶体模型是什么样子呢?球棍模型?那我们一起更改一下显示方式吧,通过在晶体结构旁边的部分右击,就可以在菜单中选择Display Style进行更改了。

导入后的晶体结构文件

这里原本使用的是Line(线状显示)模式,可以修改成Ball and stick(球棍状)或者CPK(最密堆积)模式,原子的颜色也可以进行修改,如果选中若干原子,也可以仅对选中的原子的相应显示性质进行更改。

改变显示方式计算的时候原子数量太多,计算量比较大怎么办呢?MS里有原胞和惯用胞的选项,原胞是可以表示晶体周期性的最小结构单元,而惯用胞则是包含晶体所有对称要素的最小单元。从Properties区域可以看出,对于金刚石晶体,原胞仅包含两个原子,而惯用胞则包含8个原子。

原胞和惯用胞的转化今天我们说到了晶体结构的引入以及显示方式的修改,除了打开MS自带的一些结构文件,我们也可以从各种外部数据库下载相应的晶体结构文件导入MS。MS也提供了建立晶体的方法,可以通过晶格常数和原子坐标建立自己的晶体结构,下一次我们就来说说这个话题,并且建立一个Y0.15Zr0.85O2形式的晶体模型。这次我们就先说到这里,我是小MS,期待下一期与您再见。

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