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Materials Studio教程系列(2):建模

已有 11734 次阅读 2021-3-31 15:44 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

Materials Studio零基础培训.jpg

作者:小强

Materials Studio软件拥有十分强大的建模功能,其界面友好的优点对于初学理论计算的朋友来说是一个很大的福利,经过简单的摸索之后即可上手,进行建模。下面和大家简单介绍一下Visualizer模块的主要功能。

首先,打开软件后,需要新建一个‘3D Atomistic文档’,一切建模操作都需要在此文档中进行。

我们建立一个苯环,首先通过六元环工具画一个六元环,我们接下来需要对六元环做一些处理,选中C-C键,然后在窗口左侧的 ‘Properties’处更改键的类型。

然后通过自动加氢功能,给苯环加氢。即可得到苯环结构。

建模过程中需要对模型进行一些如平移和旋转之类的操作,下面我们来讲一下这些操作在Materials Studio如何实现。

左键单击‘Movement’会弹出Movement对话框,‘Translation’是控制位移的选项,在‘Distance’处设置平移的单位距离,‘Rotation’是控制旋转的选项,在‘Angle’处设置旋转的单位角度大小。我们在进行平移旋转操作时需要先选中需要进行操作的分子。

下面来说一下其他的操作,我们在计算的时候可能会涉及到原子替代的问题,我们在建模的时候可以通过简单操作进行原子替代。

首先单击需要替换的原子,然后左键单击‘Periodic Table’,调出元素周期表,在元素周期表中选中替换元素,单击OK即可完成替换。

对于选择操作,如果当前结构包含多个分子片段,需要选中其中一个分子片段进行移动,而其它片段不动,

我们需要先选中这一片段的一个原子,然后在此原子右键,选择 ‘Select Fragment’即可选中改片段,如果需要精细的移动操作,则需要根据前文的方法进行移动,如果只是粗略的移动,只需要‘Shift+鼠标右键’即可进行移动。

Materials Studio是久负盛名计算模拟软件,问世20余年来,经过不断地迭代优化,使其功能异常强大,极易上手,初学者只需通过简单的参数设置和点击鼠标就能完成DFT计算。其计算可靠性久经考验,备受Nature、Science等顶级期刊认可。

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