疾病发生发展的过程就是产生标志物的过程，药物是治疗疾病使得机体回归正常的物质，理论上药物的成功治疗应该导致疾病标志物的消失，机体完全恢复到健康状态。

也许药物不是那么理想，药物导致的变化也许只能把疾病造成的主要改变逆转回去。在利用临床样本的研究中，如果没有考虑药物的作用，发现的潜在标志物实质上是疾病和药物共同作用保留在体液中的变化。

伦理上我们无法停止病人药物的治疗，必须考虑用动物模型研究药物的可能影响。当然疾病状态下药物的影响和健康状态下药物的影响也许不同。但是考虑了药物的影响，找到疾病潜在标志物的可能性更大。

当然考虑了药物的影响也有利于确定标志物是不是可以反映药物治疗的效果。