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R包时一系列胡、帮助文件、数据的集合,R的功能如此强大很大程度上依赖数量众多的包来实现。
不在R运行的一开始就加载所有的R包主要有两个原因:1、R包数量众多,一开始就全部加载会用很长时间且降低系统的反应速度;2、部分包中使用相同的名字的函数,而函数内容却不相同,会造成函数混用和冲突。
R包可在CRAN(R基金会建立)和Bioconductor(基因组数据库开源项目)这两个主要的R包托管数据库上获得,其他网站上如GitHub、R-Forge也有一些。
一、R包的安装
1、在R中直接输入代码在CRAN上查找安装
install.packages("package name")
多个包可以用c()来列出多个包的名字,install.packages(c("package 1","package 2",···))
2、下载安装
从CRAN、Bioconductors或其他网站上下载R包的压缩文件后使用命令
install.packages("E:/vegan.rar") #需要绝对路径
Rstudio中在菜单栏Tools-Install Packages中查找安装
Install from下拉菜单可以选择是从CRAN还是本地安装包安装
二、包的管理和使用
1、加载包
library(package name)
或
require(package name)
2、查看R包
①查看默认加载的R包
getOption("defaultPackages")
②查看已加载的R包
(.packages())
③查看所有已安装的R包
(.packages(all.available = T))
或
installed.packages()
3、卸载包
卸载需要指定在哪个库中,因此参数加上库名,如".Library"
remove.packages("package name",.Library)
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