博文
争鸣小记
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我在《桃花源里可耕田？》（http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=778）那篇博文中指出：我们现在的农大不像个农大，它离农业渐行渐远愈行愈远。我们的农大师生他不关心三农（至少他不真心），尽拿三农问题作时髦话题坐而论道纸上谈兵一味清谈却从不真正参与其中，大家都在弄分子搞基因发SCI，对农业生产中紧迫的实际问题却基本上不沾边。这次新农村建设运动中，几乎所有的农业科学家都在袖手旁观。其原因是整个国家的导向问题。农业生产实际中的大量问题既不宏观又不微观、既不是很前沿的基础问题，也非现炒现卖的应用技术，而是一种需要长期坚持不懈的系统调查和观测试验才能找出其发生规律从而制定出治理措施的中观问题，而这恰恰是爷不疼娘不爱没谁愿意支持的研究课题。我们的管理层决策层没耐心让你闷头做上多少年，他宁可应急只喜欢政绩工程面子项目一窝蜂大轰大嗡，除非成了大灾出了大问题才拨款立项但还只是应急。这正是目前农业科研中所有问题的根源所在。
我的同事李飞教授对此文做了评论，写得很有意思，故立此存照，放这里以飨众位博友。
农业科学中的基础研究与分子生物学研究
南京农业大学昆虫学系 李飞（博士，教授）
一、农业科学也需要基础研究工作
由于农业科学研究的特点，农业大学必须要有一部分教授盯住当前的农业生产，以能够应对和解决生产中的实际问题，这一点是无可置疑的。正如医学院，一部分教授在针对某种或某类疾病开展临床应用性质的研究。但是，正如医学院需要一部分教授从事基础研究工作，农业科学同样基础研究。
袁隆平通过大量的田间观察，发现自花授粉的水稻也具有杂种优势，于是开始研究杂交水稻，并最终发现“超级水稻”，这正是“需要长期坚持不懈的**调查和观测试验才能找出其发生规律从而制定出治理措施的中观问题”中最经典的例子。
但是，杂交水稻为什么会有优势？遗传基础是什么？ 这就需要一系列的基础研究工作，完成这一基础研究工作的是康奈尔大学的Steven Tanksley，他算是最年轻的美国科学院院士，与袁隆平一起获得了2004年沃尔夫农业奖。 如果说，超级水稻的发现是凭借袁隆平院士几十年如一日的田间实验，但随后利用超级水稻的遗传和分子机制开展的分子育种，将几十年如一日的田间杂交育种进度大大地缩短，而且目标性更强(这里不涉及转基因)。所以，超级水稻的遗传和分子机制，看起来是一个纯基础的研究工作，但对育种工作同样具有很大的促进意义。
中国人发现了超级水稻，美国人告诉我们为什么。因为中国的农业科学不重视基础研究，或者我们甚至不想知道为什么？
也许我们可以再举另一个例子，褐飞虱是迁飞的，灰飞虱本地越冬。但为什么？飞还是不飞？机制是什么？ 如果了解这些机制，是否可能用于害虫控制中？比如，干扰褐飞虱的迁飞行为。因此，或者至少，了解褐飞虱迁飞的分子机制与利用雷达观察褐飞虱的迁飞行为是同样重要的。
如果农业科学的研究只针对当前农业生产实际，那么势必只能“头痛医头，脚痛医脚”。 所以，我们需要一部分教授做面向生产实际的应用研究工作，也必须要有一部分教授面向20年后或者30后的农业科学，做一些前瞻性的工作。 唯其如此，农业科学研究才不会疲于奔命。一个大学，应该百花齐放，从事各种层次研究工作的教授应该都有；而研究生，才会有更大的选择空间。研究人员之间，对于彼此的研究，应持有一些好奇和宽容。
2007-04-01 17:06 回复
二、分子生物学只是研究手段
与其说分子生物学是一门科学，不如说是研究手段和方法，是在基因水平分析和研究生命科学中的某一个问题，所以通常称为分子生物学技术。 分子生物学早已融入到生物学的各个分支中，分子细胞生物学、分子免疫学、分子生态学、分子分类学，分子毒理学..........分子生物学不过50年左右的历史，成熟于20世纪70年代后期，但分子生物学技术一旦问世，便大量地应用于生物学研究的方方面面，并引发了生物学研究的革命。为何？我以为有两点，一是分子生物学技术揭示许多生命现象背后的规律和机制，而这是人们所希望了解的。在分子生物学问世之前，人们更多地是在发现和描述规律或生命现象；二是分子生物学技术提供了一些新的研究手段和策略.
在80年代，通过标记、放飞和雷达跟踪等手段，证实了褐飞虱是迁飞的。事实上，如果用分子标记技术，同样可以找到褐飞虱迁飞的证据，而且工作量很小，可能只需一个研究生几个月的时间。这就是分子生物学技术的优势所在。
“工欲善其事，必先利其器“，分子生物学，器也。质疑的声音主要是两个方面，一是为什么非要采用分子生物学技术？二是利用了分子生物学技术，又如何？ 这些质疑很有意思，一是分子生物学技术只是研究手段，没有任何基金项目或实验室有强制性规定，一定要用或不用，用或者是不用，是根据研究内容而定的。二是分子生物学并不是万能的，它只是目前处于生物学科的黄金时期，因为许多早已被观察到的生命现象或规律的分子机理没有被揭示。另外，一项技术从基础研究走向应用，是需要积累的。分子生物学在医学研究中开展较早，所以应用也就更广泛了，几十年前的医学检验都依赖于生化实验，现在已经有许多是分子检测了。农业科学研究相对滞后，但应用只是迟早问题，但要依赖于更多基础研究工作的积累。
江湖中有人用刀，有人舞剑，有人耍棍。如果碰巧最近流行双截棍，大可不必牢骚满腹，如果不想赶潮流，大可不必理它，继续玩弄自己的兵器得了；如果由于其他原因，比如玩双截棍的人容易被邀请表演，多赚点表演费，舞剑弄刀的人再学一点双截棍，又有何难。
而且，学术研究不仅要跟踪当前研究的最新进展，也要跟踪研究技术的最新进展，虽然有点难，也算是份内的事。不过，生物学中的新技术实在是太多了，所以做研究工作的人，要始终站在最前沿，还是有点累的。
2007-04-01 23:21 回复
三、分子生物学已经过了黄金时期
从发表文章的趋势看，一篇做了基因克隆、基因表达和功能分析的文章，如果没有什么新意，只能发表在影响因子只有1-2左右的杂志中。已经没有杂志会因为利用了分子生物学技术就认为文章不错而录用。事实上，许多没有做分子生物学的文章也同样发表在高水平杂志上。比如，李显春的Nature文章主要的工作并不是分子生物学，而是用水杨酸盐和茉莉酮酸酯喂食棉铃虫，发现棉铃虫的多功能氧化酶也会升高（用得是生化检测方法），这表明水杨酸盐等不仅可以诱导植物的防卫，也可以诱导昆虫的反防御，这挑战了当时美国昆虫学界的主流观点，他们曾建议利用水杨酸盐来诱导植物防卫体系启动来控制害虫，李显春的工作表明这显然是行不通的。 其实这样的文章很多。
正如电脑普及到每一个办公室一样，正如email和QQ等网络信息传送方式已成为主要的联络方式一样，分子生物学已融入到每个学科，几乎每个生物学实验室，它已经渡过黄金时期，成为一个工具而已。当然，植保学院至今仍有老师不习惯用手机。是呀！为什么要用手机？用了手机又如何？想找的人还是找不着，平时还挺浪费钱的。不用总有不用的理由。
2007-04-01 23:40 回复 |
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bpzhai的回复：
上面三条讲得很有道理。但有一点需要商榷：
“如果用分子标记技术，同样可以找到褐飞虱迁飞的证据，而且工作量很小，可能只需一个研究生几个月的时间”。
这一点恐怕难以实现。迁飞的虫子与居留型虫子的不同在于前者频繁的基因交流使得迁飞个体几乎不存在遗传上的或基因上的差异。所以这条路走不通的。
1995年我申请NSFC项目想搞清北方稻飞虱暴发的虫源问题，其中几位评审专家对我的申请评价不错，但有一位评审专家给我毙掉了，原因是我应该用DNA Finger- print Technology去做而不能用我设计的随风溯源的研究方法。这纯粹是外行话。我没得到支持，不过仍旧按自己的思路开展工作，我的第一个研究生就用这个问题做学位论文，做得挺不错，把问题搞清楚了。
我现在的一位博士生倒是在用分子标记的方法做三代粘虫的虫源问题。我一开始便告诉他，风险极大，很有可能做不出结果。但他愿意试一把，趟条路出来。
我不反对做分子水平的研究，但不赞成的是把分子生物学作为生物科学的代名词，全民搞分子绝对是浪费也解决不了问题，这也正是当局一贯的运动思维在生物科学领域中的反映。
发布者 bpzhai
2007-04-03 22:33 回复 |
附录：
李飞教授，1977年生于江西农村。1992年15岁时进南农读本科，2003年获南农博士学位。此后在清华做了两年博士后，研究生物信息学，出站后回南农任教，2005年入选教育部新世纪优秀人才支持计划。
在博士研究生期间（2000-2003），成功地从我国重要农业害虫棉蚜中克隆出2个乙酰胆碱酯酶基因，这在昆虫中属首次报道，相关研究结果发表于《Genome》杂志并被多次引用。对乙酰胆碱酯酶基因中与抗性相关的SNP的研究结果发表在昆虫学业内SCI收录的一流杂志上。其博士学位论文荣获2005年全国百篇优秀博士论文称号。
在博士后期间主要从事基因选择性剪接研究和真核生物小RNA的研究工作，以联合第一或第二作者身份分别在Trends in genetics（IF 13.2）和Human molecular genetics （IF 8.6）上发表了研究论文。
主持国家自然科学基金面上项目（60405001）、国际科学基金（瑞典，C/3800-1）和中国博士后科学基金等多个基金项目。
在国内外重要学术期刊上发表20 多篇研究论文，其中SCI 收录9 篇，累计影响因子达46.449 (以2004 年影响因子计算)，被他人引用30 余次。
2005
Chenghai Xue* ,Fei Li* , Tao He , Guo-ping Liu , Yanda Li and Xuegong Zhang. Classification of real and pseudo microRNA precursors using local structure-sequence features and support vector machine. BMC Bioinformatics 2005, 6:310, (*contributed equally，IF 5.423)
Jun Cai , Ying Huang, Fei Li, Yanda Li. Alteration of protein subcellular location and domain formation by alternative translational initiation. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2005, 62(3):793 - 799(IF 4.429)
Xiaowo Wang, Jing Zhang, Fei Li, Jin Gu, Tao He, Xuegong Zhang, Yanda Li, MicroRNA identification based on sequence and structure alignment, Bioinformatics, 2005, 21(18): 3610-3614(IF 5.742)
Jianning Bi, Huiyu Xia, Fei Li, Xuegong Zhang, Yanda Li, The effect of U1 snRNA binding free energy on the selection of 5' splice sites, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2005, 333: 64-69(IF 2.904)
Fei Li, Zhaojun Han, Alternative splicing, multiple transcription initiation sites of nicotinic aceycholine receptor subunits from the cotton aphid Aphis gossypii, Acta Zoologica Sinica, 2005, 51(5):867-878 (Corresponding author)
2004
Jing Zhang, Fei Li, Jun Li, Michael Q. Zhang, Xuegong Zhang. Evidence and Characteristics of Putative Human Alpha Recombination Hotspots. Human Molecular Genetics, 13(22), 2004, 2823-2828(IF 7.801)
Fang Wen*, Fei Li*, Huiyu Xia, Xin Lu, Xuegong Zhang, Yanda Li. The impact of very short alternative splicing on protein structures and functions in the human genome. Trends in Genetics. 2004, 20(5):232-236 (*contributed equally,IF 14.643)
Fei Li, Zhaojun Han. Mutations in acetylcholinesterase associated with insecticide resistance in the cotton aphid, Aphis gossypii Glover. Insect biochemistry and molecular biology. 2004, 34:397-405(IF 2.234)
2002
Fei Li, Zhaojun Han. Purification and Characterization of Acetylcholinesterase from Cotton Aphid, Aphis gossypii Glover. Archives of Insect Biochemistry and Physiology. 2002, 51(1): 37-45 (IF 1.173)
Fei Li, Zhaojun Han. Two Different Genes Encoding Acetylcholinesterase Existing in cotton aphid, Aphis gossypii Glover. Genome. 2002, 45 (6):1134-1141(IF 2.100)
https://blog.sciencenet.cn/blog-235-1239.html
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