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[转载]大数据分析: 华南海鲜市场不是新冠病毒发源地,11月下旬或已人传人

已有 2774 次阅读 2020-2-23 12:23 |系统分类:科普集锦| 冠状病毒, 武汉, 华南海鲜市场, 美国 |文章来源:转载

中新社昆明2月22日电 据中国科学院西双版纳热带植物园官方网站消息,该园联合华南农业大学和北京脑科中心,收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新冠病毒样本基因组数据(截至2月12日),通过全基因组数据解析发现:武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。


d01373f082025aafb4f183f623cdeb62024f1af6.jpg中国科学院西双版纳热带植物园官网截图

93个样本包含58种单倍型,演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是祖先单倍型,也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。

研究人员称,与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2,H8-H12,而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见,华南海鲜市场的新冠病毒是从其它地方传入,再在市场发生快速传播并蔓延。另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

此外,研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现,分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。

研究还显示,新冠病毒在2月12日前发生过2次明显种群扩张:一次是2019年12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月下旬已开始人际传播,随后在华南海鲜市场加快;另一次种群扩张发生在1月6日。

值得一提的是,为细分来源,研究人员将58种单倍型分成五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源,重庆和台湾的病毒有两个来源。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国,患者感染源至少有两个,尤其是美国包括了五个来源。特别值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,同时是澳大利亚、法国和美国以及中国台湾患者的传染源。

研究还表明,新冠病毒基因组没有发生重组事件。

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中新社截图


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