大豆病害较多：①大豆胞囊线虫病、根结线虫病。 胞囊线虫Heterodera glycines主要发生在黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、山东、河南等省(自治区)。采用合理轮作和抗病育种防治。② 真菌病。有为害暗叶部的斑枯病、灰斑病、霜霉病和锈病等，其中霜霉病遍及各地；为害根、茎的有疫腐病、菌核病和炭疽病。疫腐病以抗病育种，其他靠轮作法防治。为害子粒的有紫斑病和黑点病，药剂拌种防治。③细菌病有斑点病和斑疹病，有的可用抗病育种防治。④病毒病。种类多，中国长江流域和黄淮平原以花叶病毒流行广、为害重。采用无病毒种子、消灭媒介昆虫及抗病育种防治。此外主要虫害有食心虫、草地螟、豆荚螟、豆秆蝇、豆秆黑潜蝇、红蜘蛛和蚜虫等，以药剂防治为主。菟丝子在黄淮平原为害甚烈，采用清选种子、生物防治和轮作防治。

       目前发现的病害有30余种，其中真菌性病害最多，病毒类主要是大豆花叶病毒，线虫病主要为胞囊线虫和根结线虫。
       大豆锈病、炭疽病、细菌性斑疹病等，在南方发生较重。北方春大豆区霜霉病、灰斑病、细菌性斑点病、胞囊线虫病发生普遍。大豆病毒病在各大豆栽培区都有发生。
       为害大豆粒荚为主的有：紫斑病Cercospora kikuchii、轮纹病Ascochyta glycines、赤霉病Fusarium avenacearum(Fusarium roseum、Fusarium semitectum)、荚枯病Macrophoma mame、炭疽病Colletotrichum glycines、黑痘病Sphaceloma glycines。
叶部病害主要有：霜霉病Peronospora manshurica、灰斑病Cercospora sojina、褐纹病Septoria glycines、黑斑病Alternaria brassicae var.phaseoli Alternaria fasciculata Alernaria tenuissima、锈病Phakopsora pachyrhizi、白粉病Erysiphe polygoni、细菌性斑点病Pseudomonas glycinea、细菌性斑疹病Xanthomonas phaseoli var. sojense、大豆花叶病Soybean mosaic virus(SMV)等。

        茎秆部病害有：菌核病Sclerotinia sclerotiorum、黑点病Phomopsis sojac(Diaporthe phaseolorum)、纹枯病Pellicularia sasakii。

        根部病害有：立枯病Rhizoctonia solani、猝倒病Pythium debaryanum、枯萎病Fusarium bulbigenum (F.oxysporum)。根疫病Phytophthora magasperma var.sojae是美国的主要病害，中国尚未发现。是检疫对象。