第一，由无人到有人。

    神八不载人,神九载３名航天员的全乘员组飞行，是最大的不同。

    神八不载人，舱内装载的设备与载人无关。

    神九载人，取消了与载人无关的设备。

    神九返回舱配备３人座椅。安排女航天员坐在座舱左侧，同时增加了女航天员专用的舱内服装备件包，包内专门配备了女性专用卫生用品包.

    飞船舱内配备了神八上所没有的:

    一个食品包，可供３名航天员１５天的航天食品和饮用水，

    航天员内衣备件包和废物收集袋。

第二，组合体飞行方案不同。

    神九与天宫一号将载３名航天员，进行组合体停靠３０人天（３人×１０天）的最长飞行任务验证。

    神九独立飞行时间与神八相同，正常情况下独立飞行３天，在应急情况下可以独立飞行５天；

    神九组合体停靠时间由神八的１４天变为１０天，目的是验证组合体最长飞行支持能力（３人１０天）。

第三，交会对接进入方向不同。

    神八两次对接全部采用从后向进入对接，也就是说飞船在后，向前追赶天宫一号，在逐渐接近的过程中，与天宫一号对接，同时，第二次对接采用飞船撤退至１４０米的地方进行对接的方案。

    神九将进行前向对接，也就是说，飞船在前，由天宫一号追赶神九进行对接，在第二次对接中，采用飞船自动撤离、撤退至４００米的地方进行前向对接的方案。

第四，交会对接方法不同。

    神八与天宫一号交会对接采用的是在飞船上的交会对接设备的引导下自动交会对接，

    而神九与天宫一号交会对接在进行自动交会对接的同时，还将采用人工手动控制方法进行，以验证航天员人工手动控制交会对接技术。

    实际上，航天员对飞船的手动运动控制功能从神一到神八都具备，但此前我国进行的载人航天飞行中，航天员还没有实际进行操作，这也就是说，只是坐在座舱里，还没有亲自驾驶飞船。

    神九的航天员将第一次进行手动控制飞船，并进行手控交会对接，充分体会驾驶飞船的感觉。

第五，交会对接环境不同。

    神八是我国第一次进行空间交会对接，为减小空间各种光波对交会对接设备造成的干扰，根据技术上的考虑和设计上的安排，神八交会对接任务设计上采用的是在阳照区开始自动交会对接，待对接完成的时候，已经处在阴影区，

    而神九载人交会对接则在全阳照区间进行。由于太空各种光波对交会对接测量设备会造成干扰，在这样的环境下完成交会对接，其难度要远比神八大得多，交会对接设备将接受一次严峻异常的考验。

第六，由自成一体到联成一体。

    神八与天宫一号交会对接只是完成了两个飞行器的刚性连接，连接两个航天器的舱门并没有打开，因此，在舱内环境上来讲，并没有成为真正意义上的一个整体。

    神九的航天员要进入天宫一号目标飞行器里，进行工作、生活和组合体载人环境的全面验证.

    神九的航天员将打开两个航天器的舱门，这时，神九将首次实现与天宫一号的空间连通，成为运行在太空中连在一起的两个大房间，航天员穿过神九舱门，进入天宫一号，进行相关物品转移、工作和生活，这种情况下，天宫一号内的二氧化碳净化装置、微生物控制装置等环境控制和生命保障设备将开机，为航天员创造一个与地面一样的工作和生活环境。

第七，飞船内搭载设备不同。

    神八飞行任务已完成了在轨力学环境参数的测量，

    神九取消了相应传感器和设备；专用于图像记录和下传的辅助ＣＣＤ光学成像敏感器相机存储单元；

    返回舱配备了乘坐３人的座椅。

第八，紧急故障情况下处置预案不同。

    为应对目标飞行器和飞船发射、空间交会对接、分离返回等过程中出现预想不到的突发事件，

    神八针对交会对接任务，增有交会对接过程的对接机构、交会对接敏感器等２００多项故障预案。

    神九设计了３００多种故障模式与对策，进一步完善了其中与航天员操作相关的１００多种故障模式。

    特别是针对载人航天情况下，为确保航天员的安全，增加了手控交会对接故障模式与对策、手动控制禁止指令无法正常发出等故障预案等，进一步确保航天员安全。

第九，控制方案进行了局部改进和优化。

    神九制导导航控制系统针对新的任务，对自动交会对接与撤离、人工手动控制交会对接与撤离、返回控制等进行了局部改进和优化，并进行了大量的试验验证。

第十，返回方案变化。

    神九返回的控制方案中，对打开回收主开关关键指令相应增加了手动控制指令作为备份，返回的可靠性和安全性大为提高。