把沼气技术主要应用于防治畜禽养殖污染的实践，是从20世纪90年代以后开始的。随着畜禽养殖污染引起了人们高度重视，在北京、上海、江苏、四川等地开始把大中型沼气工程用于处理畜禽粪便，治理环境污染，取得了显著效果。目前，沼气发酵技术已成为我国散养农户和养殖专业户防治畜禽污染的主要技术，在粪污处理模式中发挥着重要作用。理论上看，不同的沼气工程规模能处理的畜禽粪污量不同，因此适合散养户、专业户和企业型养殖场的沼气工程也不同。畜禽散养户适宜建造农村户用沼气池，沼气工程规模在8-12m3左右；养殖专业户适宜建造专业户沼气池，沼气工程规模在50-100m3左右；养殖企业适宜建造大型沼气工程，工程规模在100m3以上。但是在我国，部分散养农户并不愿建造沼气池，大部分专业户建造的是小规模户用沼气池，大部分养殖企业并未建造大规模沼气工程。因此，在我国应用沼气技术防治畜禽粪便污染的效果并不明显。具体来说，我国农村沼气技术在畜禽养殖污染防治实践中存在如下问题。

       第一，在“一池三改”补贴政策导向下，大部分养殖户都是建造10m3左右的户用沼气池，不能适应粪污处理需求。有些农户的沼气池是上世纪90年代初期所建，当时是为生活用能的目的，池容很小，远不能解决目前的畜禽粪污量。即使政府提供沼气池建造补贴，但农户由于多方面原因并不愿意采纳沼气技术。对湖南140户养猪专业户的调查发现，在政府补贴具有广泛获得性的情况下，仍有68户并未采纳沼气技术，另外72户采纳户所建沼气池容积众数为10m3。

       第二，农村沼气建设“重建设、轻管理”问题突出。我国农村缺乏一个环境管理的长效机制，导致许多好的环境技术和政策都收不到应有效果。沼气发展普遍存在“有人建、没人管”的问题。对于农村沼气项目管理推广者来说，主要是建好沼气池完成任务目标，重建轻管；对于养殖户来说，沼气池是由政府补贴大部分建造的，只用不管。管理者和使用者对后期管理都忽略了，观念上重视建设投入，轻视技能培训；重视前期建设，轻视后期管理。如此，许多沼气池在极短的使用时间内就失去了使用价值。

       第三，综合利用的技术和资金门槛较高，降低了专业户建造沼气工程的经济可行性。沼渣及沼液的再利用还需要追加投资，沼气商业化利用在技术及成本上的投资很大。加之在我国，沼液及沼渣等有机肥缺乏销路，沼气销售价格多数是一种福利性价格，政府在指导定价方面缺乏相应的手段和依据。这样，沼气资源化利用和商业运营都变得困难。实际中，农户沼气综合利用方式非常单一，将沼气作为生活能源，沼液及沼渣直接还田或用来养鱼，沼气建设没有带来直接收入。因此，建造沼气工程的内部收益率变得很低，降低了经济可行性和建池积极性。这个问题在大中型沼气工程中更为严重，许多沼气工程因为没有进行综合利用而变得经济不可行。