转录因子可以影响很多基因的表达，可以指导很多不同的生物学过程，包括细胞分化、细胞分裂、大小、代谢等等。研究转录因子的功能需要多种生物学方法，比较容易给研究者带来希望的技术，我认为，有两种：检测mRNA变化的DNA芯片（chipor microarray）和检测转录因子的DNA结合的染色体免疫共沉淀+DNA芯片（Chip-Chip）。当然了，后来的deep sequencing技术能更好地检测mRNA变化，Chip-Chip有时也就变成了Chip-Seq。

但新技术对生物学的影响力有些像看《非诚勿扰》，过了兴奋期以后，就会发现很多不足。DNA芯片技术已经有二十多年历史了，不算是新技术。开始的时候是技术不过关，测出来的mRNA变化不能准确地反映实际细胞内的真实变化。后来技术过关了，还是有很大的局限性：你看到了细胞内mRNA在某个时刻的状况，但还是难以推测过去预测未来，也不知道这些变多变少的基因之间的关系。但这些局限性抹杀不了DNA芯片技术的贡献。如果有好的实验设计，那还是能收集到一些有参考价值的数据的。

如果说mRNA的上上下下看了让人头晕，那染色体免疫共沉淀一度给研究者带来很大的希望。这种技术可以让我们知道转录因子结合在染色体上的位置，例如在某个基因的调节区域。有结合就说明这个基因受这个转录因子的直接调节。把染色体免疫共沉淀和DNA芯片技术偶联以后，就可以知道某个转录因子在整个基因组的结合位点。这个听起来很潇洒，能解决问题。但结果还是让人失望，原因是：很多很多的，如果不是全部的，转录因子与很多基因的调节区域都有结合，有的转录因子甚至与1/3的基因都有结合信号。于是大家都明白了：与DNA结合只是第一次亲密接触，还不是结婚