市场经济研究所前身为经济研究所，成立于2008年，承担政治经济学和劳动经济学两个学科的建设和研究生培养的任务，2013年更名为市场经济研究所，所长龚晓莺教授。

      市场经济研究所着重研究社会主义市场经济的基本理论与现实实践问题，包括所有制调整和经济体制改革、宏观调控和政策实施、金融体制改革、城乡居民收入分配、劳动关系和市场建设发展等重大理论问题和实际问题。市场经济研究所还与浙江省义乌市场发展中心合作建立了同济大学义乌市场研究基地，直接介入区域经济的实证和实践研究，以推动地方经济发展。

      循环经济研究所成立于2014年，所长为杜欢政教授。

      循环经济研究所主要承担资源、环境经济学方向的学科建设，研究可持续发展、生态环保等问题，其中特别是城市矿产和循环经济问题。具体研究内容包括：在浙江省开展资源产出率理论研究，在永康市开展实证探索；围绕有机废弃物中的农业畜禽养殖废弃物、病死猪和农业废弃物（秸秆）三类有机废弃物中重点类别，选择海盐、杭州、广州三个城市开展深入持久的理论研究和示范工程建设；与杭州富伦集团、利乐公司合作，开展低值包装废弃物回收体系建设和生产者责任延伸制度（EPR）中社会责任分担的理论研究和实证探索等。在推动国家和地方政府关于循环经济政策决策方面，起到了积极作用。

      循环经济研究所还联合建设马克思主义实践教学基地展开研究工作。实践教学基地包括大周镇循环经济教育示范基地、杭州天子岭循环经济教育示范基地、海盐中小城市有机废弃物协同处理教育基地等。