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ASE(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/index.html)是 Atomic Simulation Environment 的简称,在进行DFT计算之前,我们需要设定原子构型。ASE就是用来构建原子体系的一款开源工具。它用Python写成,可以连接大多数主流的DFT软件,比如VASP,abinitial,elk,GPAW等等。
GPAW(https://wiki.fysik.dtu.dk/gpaw/)是一款开源的DFT软件,性能与VASP不相上下。参考这篇文章:http://arxiv.org/pdf/1204.2733.pdf
由于GPAW的开源特性,使用者可以根据自己的需要改进代码,或者创造新的模块。
希望更多人参与到这个开源项目中来!
附:
ASE 结构图:
例子(计算氮分子的Atomization energy):
# Import module
from ase import Atoms
from ase.calculators.emt import EMT
# 设定Atoms构型(N2分子)
d = 1.1
molecule = Atoms('2N', [(0., 0., 0.), (0., 0., d)])
# 设定calculator
molecule.set_calculator(EMT())
# 计算分子的能量
e_molecule = molecule.get_potential_energy()
# N 原子
atom = Atoms('N', calculator=EMT())
e_atom = atom.get_potential_energy()
# Atomization energy
e_atomization = e_molecule - 2 * e_atom
# 展示结果
print('Nitrogen atom energy: %5.2f eV' % e_atom)
print('Nitrogen molecule energy: %5.2f eV' % e_molecule)
print('Atomization energy: %5.2f eV' % -e_atomization)
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