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单细胞肺癌靶向基因突变检测解决方案

已有 1405 次阅读 2021-10-10 17:32 |系统分类:科普集锦

新品上市| FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒

肺癌是一个多基因变异积累的复杂癌症,由于肺癌组织取样较难以及肿瘤异质性高,用传统检测技术难以获得肿瘤全面信息。传统的肿瘤突变检测,只能在组织层面检测基因突变的整体丰度,无法定位突变位点所处的细胞类型以及各类型的分布等情况。结合单细胞转录组信息以及驱动突变信息的解决方案,可进一步在单细胞水平上解析肿瘤内异质性(ITH, intra-tumor heterogeneity)。

基于富有生命力的单细胞研发平台,新格元开发了FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒(FocuSCOPE™ Single Cell Multiomics Lung Cancer Druggable Mutation Analysis Kit)。针对肺癌常见驱动基因突变进行靶向捕获和单细胞转录组同步检测,在单细胞层面检测药物敏感突变或耐药突变信息。在临床及科研上,为肺癌免疫微环境以及靶向基因突变提供新的解决方案。

FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒可检测的靶基因覆盖大部分2021年NCCN指南推荐的肺癌经典靶点如EGFR(19del和L858R)、EGFR 20ins、KRAS G12C、BRAF,还包括PIK3CA、HRAS、NRAS等基因突变信息。其中,RAS (KRAS, NRAS和HRAS)是癌症中最常见的突变基因家族。KRAS的突变是三种最致命的癌症(肺癌、结直肠癌和胰腺癌)的驱动因素。

独特的磁珠探针设计,目标区域更容易获取

FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒采用独特性的分子标签磁珠设计,在寡核苷酸序列上加入靶向目标位点区域的特异性探针,实现对目标区域信息和单细胞转录组信息的高效获取。通过扩增富集,可快速在单细胞水平检测肺癌多个热点基因的突变信息。

特异探针捕获特异探针捕获

基因突变和转录变化是肿瘤异质性的重要来源。FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒,可同时完成从组织样本运输、解离制备单细胞悬液、单细胞分离、mRNA以及肺癌靶基因的定向捕获和NGS测序文库构建整体流程。同时,新格元开源生物信息分析软件CeleScope已经搭建好相关分析流程,可以直接下载安装使用(https://github.com/singleron-RD/CeleScope)。

全流程解决方案全流程解决方案

除了可以绘制单细胞转录组图谱之外,在FocuSCOPE™试剂盒获得突变信息之后,可针对含突变信息的细胞亚型进行系统性研究,如:

  • 细胞比例变化
  • 代谢通路研究
  • 肿瘤内细胞通讯差异
  • 基因突变与转录因子之间调控关系

应用方向

试剂盒可广泛的适用于肺癌肿瘤微环境、肿瘤异质性或不同基因驱动的肺癌类型对药物治疗反应的研究。

  • 在单细胞层面发现突变基因转录丰度以及细胞亚群的分布;
  • 检测目标基因在单细胞中的热点突变;
  • 探究已知突变基因与未知靶点的相关性;
  • 不同类型肿瘤亚群热点基因突变研究;
  • 评估患者靶向治疗前后目标细胞变化,探究耐药及复发机制。

测评示例

Case1 小鼠成瘤实验

实验背景说明:A549含有G12S突变,免疫缺陷小鼠后腿腋下植入A549细胞,待荷瘤长至黄豆大小后,解剖取下荷瘤并解离成细胞悬液。 实验设计:



SampleTumor (A549 injection in mice)
DissociationsCelLiVE™ Tissue Dissociation Solution Kit
LibraryFocuSCOPE™ Single Cell Multiomics Lung Cancer Druggable Mutation Analysis Kit
Cell Viability88%
Input Cells26700
Output Cells16262

使用FocuSCOPE™ Single Cell Multiomics Lung Cancer Druggable Mutation Analysis Kit完成对荷瘤样本的单细胞转录组和靶向基因突变信息捕获建库测序后,对质控合格的测序数据进行下游生物信息分析。实验结果表明,G12S突变驱动是小鼠成瘤的主要因素,含有G12S突变的细胞亚群可以在肿瘤细胞中检出。获得肿瘤内不同突变细胞亚群之后,可以进一步研究不同突变型亚群细胞的差异基因和通路以及细胞间的相互作用,进一步揭示肿瘤内异质性。

随着单细胞技术出现,人们的视角从传统病理组织信息转向对单细胞水平上分子遗传信息的精准识别。单细胞多组学FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒的应用,在提高基因突变检测分辨率的基础上为肺癌分子分型、临床诊断与治疗提供单细胞水平的研究手段。




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