这里所谓的科研意识形态不是指以召开会议或下达文件方式对科研工作者进行直接硬性灌输的意识形态，而是指科研工作者在研究过程中不知不觉被主流意识形态所询唤，成为主流意识形态所需要的人。

主流意识形态通常各种隐蔽的方式对科研工作者巧妙地传达着自己的价值观。最常见的方式是设置课题。国家级、省部级、地市级，不一而足。课题的发布者有着主流意识形态的权威性，所设置的课题内容深处潜伏着主流意识形态的理念。科研工作者以投标的方式纷纷向主流意识形态靠拢争宠。中标者像古装影视中金榜题名的状元一样兴高采烈。“雪落梅园香入梦，状元今日披花红”。中标者的得益之处不仅在于中标本身的名分和课题经费，之后的职称、晋升都与课题挂钩，这些延伸的附加值更加证明了主流意识形态设置课题的权威性、严肃性甚至崇高性。

另外一种方式设置刊物级别。无谓的南大核心，还是北大核心，都是主流意识形态设置的层层阶梯。科研工作者要想求得生存和发展，必须沿着这个阶梯前行。更主流的是刊物级别的设置直接给管理者带来了量化管理的方便。纷繁复杂的科研成果最终被量化为各种系列的数据。此情此景，与红色经典时代年终大队会计算工分并无二致。

还有一种方式是发布各种荣誉称号。诸如长江学者、岷江学者、皖江学者、珠江学者、闽江学者、枝江学者、紫江学者、湘江学者、赣江学者、钱江学者、泰山学者、黄山学者、华山学者、衡山学者，国家教学名师、省级教学名师、市级教学名师等等。每一种荣誉称号的背后都有主流意识形态丰厚的利益供给。通过利益供给，科研工作者纷纷心甘情愿地向主流意识形态俯首称臣。

更有意思的是，主流意识形态虽然以非常严厉的规章制度彰显着自己的权威者和神圣性，有时又以非常仁慈的方式昭示出自己的通情达理和友善和蔼。主流意识形态一边在对各种学科进行学科评估，而所谓的科学评估主要就是看论文，看奖项，看课题；一边在发布《关于开展清理“唯论文、唯职称、唯学历、唯奖项”专项行动的通知》，俨然是在传送着人文关怀。

叔本华说，人的欲望是巨大的沟壑，永远无法填满。主流意识形态有意设置了各种诱惑，让科研工作者永不知足地前行。科研工作者在主流意识形态设置的既定轨道中奋然前行，顽强拼搏时，自然就对主流意识形态的合理性和安全性就无法构成威胁，这才是科研意识形态的真正本质。

所以，当科研工作者取得主流意识形态所认同的成就心花怒放，眉欢眼笑时，主流意识形态也在眉飞色舞，抚掌大笑，但笑的含义却有天壤之别。