2014年6月22日，在卡塔尔多哈召开的第38届世界遗产大会上，中国大运河正式列入《世界遗产名录》。大运河的申遗成功是举国上下共同努力的结果，东南大学建筑学院也在其中发挥了重要的作用。作为《大运河遗产保护规划编制要求》的主要制定者之一，东南大学编制完成了江苏8市及全省大运河保护规划，并担任《中国大运河遗产保护与管理总体规划》编制组副组长单位，完成大运河最重要、最复杂的江苏段保护规划和遗产点推荐工作，其中6段河道和22项历史遗存最终列入申遗点段，占整个大运河世界遗产要素的40%，江苏扬州还是本次大运河申遗的牵头城市。
   大运河保护规划编制是申报世界遗产的重要前提，也是一项极具挑战性的研究工作。早在申遗工作启动之前，东南大学建筑学院就已经开展了大运河研究工作。2006年陈薇教授在主持完成国家自然科学基金项目“元明清时期运河沿线城市与建筑研究”（200301-200512）的基础上，参与“十一五”国家科技支撑项目“空间信息技术在大遗址保护中的应用研究（以京杭大运河为例）”。2007年朱光亚教授受江苏省文物局委托，研究大运河江苏段保护及申遗的组织和实施工作，编制完成《大运河江苏段保护规划编制标准（讨论稿）》，是全国最早的大运河保护规划技术研究成果之一。
   2008年3月在扬州召开的大运河沿岸33市联合申遗会议上，国家文物局决定分三阶段编制大运河遗产保护规划，东南大学朱光亚教授在会上介绍了大运河江苏段保护规划编制的工作思路。
   2008年4月，受国家文物局委托，中国文化遗产研究院侯卫东总工程师和东南大学朱光亚教授领衔，双方共同研制《大运河保护规划第一阶段编制要求》，并于同年9月颁布实施，用于指导全国33个运河沿线城市的市级大运河保护规划编制工作。
    2008年10月，受江苏省文物局委托，朱光亚教授领衔的东南大学团队承担了江苏省8个运河城市的大运河保护规划。其中，朱光亚教授、李新建讲师负责宿迁段和淮安段，陈薇教授、王建国教授负责扬州段（诸葛净和白颖讲师等参加），董卫教授负责镇江段，吴晓教授负责常州段，阳建强教授负责无锡段，东南大学建筑设计院徐玫工程师负责徐州段，苏州计成文物建筑研究设计院有限公司在东南大学指导下负责苏州段。2009年6月，江苏8市大运河保护规划在全国率先完成专家评审。同年9月，扬州段大运河遗产保护规划成为全国首个获市政府颁布执行的大运河保护规划。
   2008年11月，东南大学和中国文化遗产研究院再度合作编制《大运河遗产第二阶段保护规划编制要求》，于2009年9月由国家文物局颁布实施，用于指导运河沿线8省的省级大运河遗产保护规划编制工作。
   2009年12月，东南大学朱光亚教授、陈薇教授和李新建讲师领衔的团队承担了《中国大运河江苏段遗产保护规划》，并于2011年8月通过江苏省文物局组织的专家论证。
   2010年4月，东南大学受国家文物局委托，参与由中国文化遗产研究院牵头，中国城市规划设计研究院、清华大学等8家单位组成的规划组，承担《中国大运河遗产保护与管理总体规划》编制工作，朱光亚教授担任规划组副组长。东南大学在全国运河总体规划中负责中运河江苏段、淮扬运河、江南运河江苏段和通济渠江苏段的全国总规和申遗点筛选工作。以朱光亚教授、陈薇教授和李新建讲师为首的编制小组和其他编制单位紧密合作，按时完成了全国大运河总体规划，于2011年4月通过国家文物局组织的专家评审，并获大运河保护和申遗省部际会商小组审议通过。东南大学团队承担的江苏段部分，获得评审专家“内容最重要，工作量最大，成果最好”的高度赞赏。
   除上述对大运河遗产保护规划和申遗工作的直接贡献外，东南大学团队还完成了大量的大运河遗产点段的保护展示、环境整治规划设计及运河城市的保护规划和城市设计工作，如陈薇教授主持的全国重点文物保护单位扬州城址保护规划和全国重点文物保护单位临安城遗址总体保护规划，王建国和杨俊宴教授主持完成的大运河申遗杭州段景观提升规划，董卫教授主持完成的镇江西津渡、新河街保护整治规划，诸葛净副教授主持完成的高邮明清运河故道保护与展示方案、宝应明清水闸遗址保护与展示方案及扬州瘦西湖、个园、何园三个申遗点保护规划，胡石讲师主持完成的大运河淮安清口段、扬州邵伯段、江都段、广陵段、瓜州段等5个申遗河段的保护与环境整治规划，吴晓教授完成的运河名镇孟河历史文化名镇保护规划，李新建讲师主持完成的总督漕运公署遗址保护与环境整治规划等等，为大运河顺利通过世界遗产组织的申遗验收做出了贡献。（李新建）