Genome-guided design of a defined mouse microbiota that confers colonization resistance against Salmonella enterica serovar Typhimurium

基因组指导下确定的小鼠微生物区系对鼠伤寒沙门氏菌的定植抗性

来源：NATURE MICROBIOLOGY

IF：30.96

摘要: 对肠道感染的保护，也称为定植抵抗，是由宿主及其本土微生物的相互作用引起的。人类和小鼠的肠道微生物种群高度多样化，因此为其个体成员分配特定属性具有挑战性。在这里，我们使用了一系列小鼠细菌菌株和模块化设计方法来创建一个最小的细菌群落，一旦在无菌小鼠中建立，就会提供对人类肠道病原体沙门氏菌（S. Tm）的定植抗性。最初，选择了一个由12个菌株组成的群落，称为寡核苷酸-小鼠-微生物群（Oligo-MM12），代表鼠肠道中主要细菌成员。该群落在连续的小鼠世代中是稳定的，并且提供了对S. Tm感染的定植抗性，尽管没有达到常规复杂微生物群的程度。比较基因组分析确定了传统微生物组中代表的功能，但在Oligo-MM12中不存在。通过基因组设计，我们创建了一个改进版本的Oligo-MM群落，其中包含来自小鼠肠道细菌收集（miBC）的三种兼性厌氧细菌，这些细菌提供了常规的定植抗性。总之，已经建立了一个高度通用的实验系统，该系统在肠道感染模型中显示出疗效。因此，结合详尽的细菌菌株收集和基于系统的方法，基因组引导设计可用于深入了解微生物 - 微生物和微生物 - 宿主相互作用，以研究肠道中的生态和疾病相关机制。