众所周知，R是统计分析大师，拥有大量开源的包，同时R也是一个绘图大师，只不过它的各种参数让小白们头疼。今天就给大家介绍一下如何用R做芯片表达数据的haatmap图（PS：当然可以用于其他数据）。

代码如下图：我主要用了heatmap.2函数,来自gplots包，该包不需要特异加载。（下面的代码中还贴了用limma包筛选差异表达基因的代码）。

接下来就会生成这样一张常见的红绿heatmap图，纵轴color bar中红色、蓝色表示实验、对照组，ColSideColors参数控制。heatmap图红色高表达，绿色低表达，col参数控制。heatmap.2功能非常强大，可以控制对是否对横、纵轴分别聚类，以及绘制相应的聚类树，等等。

效果图如下：

更多可以参考heatmap.2的说明文档，或者http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/people/students/peter_cock/r/heatmap/。

（转自：云生信）